，并威脅哀交出她研究APTX4869解毒藥的數(shù)據(jù)資料。哀為了救大家把資料給了組織，并被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之后就殺死少年偵探團(tuán)的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團(tuán)時，柯南終于找到了那里救了大家，但Vodka還是逃走了。并說組織在等著工藤新一。

第二部份：沉睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了一張寫明一切的磁盤讓博士轉(zhuǎn)交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁盤被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發(fā)明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過一死來到了毛利家。當(dāng)阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現(xiàn)在的狀況時，卻發(fā)現(xiàn)坐在偵探所客廳里的毛利呈現(xiàn)出沉睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著“工藤新一”“柯南”“黑衣組織”等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調(diào)查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現(xiàn)出他真正的實力，通過柯南留下的磁盤資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，F(xiàn)BI特工赤井秀一來到同事Judy家，意外的發(fā)現(xiàn)了的柯南的磁盤。他偷偷的把磁盤取回了家。秀一解開密碼后閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從后面擊昏。
而這時在米花町，放學(xué)回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終于確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰(zhàn)！

第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀一被Judy帶回了組織。Gin威脅秀一加入組織