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斯坦福大學首次公布人類精子完整基因組序列

佚名 2024-05-03 20:45:33

斯坦福大學首次公布人類精子完整基因組序列

斯坦福大學醫(yī)學院等處的研究人員首次公布了來自一個成人男子91個精子的全部基因組序列

,這項研究成果將有助于解開個體遺傳突變的神秘面紗
,這也是第一次報道的人類配子的全基因組序列。相關成果公布在《細胞》(cell)雜志上

領導這一研究的是斯坦福大學生物工程與應用物理學教授stephen quake博士

,他表示,“這是我的實驗室近十年來取得的最重要的研究成果”
,“現(xiàn)代技術使我們能在常規(guī)實驗中
,擴增并高精度測序單個細胞的整個基因組,這對癌癥
,不孕不育
,以及許多其它疾病的研究產(chǎn)生深遠的影響?div id="m50uktp" class="box-center"> !?/p>

文章的第一作者為quake教授實驗室王建斌(jianbin wang

,音譯),以及h. christina fan博士
,研究獲得了美國nih
,中國留學生基金委等處的資助。

對精子細胞進行測序十分有趣

,因為重組這一天然過程使得一個嬰兒融合了來自ta的四個祖父母的dna
,至今科學家們主要依賴于群體遺傳學的方法,來預測這種重組在單個精子或者卵細胞中發(fā)生的頻率
,以及具體的遺傳信息交匯的數(shù)量。但是這種方法比較粗略
,無法了解單個細胞的具體情況

因此在這篇文章中,研究人員借助了單細胞測序技術

,進行單個精子的序列分析
,從中就能描述
,并理解不同個體之間重組的差異。這些重要的實驗結果能幫助研究人員分析人類重組的動力學基礎機理
,以及其與男性不育癥之間的關聯(lián)

不過研究人員也發(fā)現(xiàn)之前基于群體遺傳學分析的結果很大一部分,出乎意料的精確――平均來說

,樣品中的精子每個大約都發(fā)生了23次重組
,或者說是交換事件,但是單個精子在遺傳物質混合
,以及基因自發(fā)突變的數(shù)量和激烈程度上存在很大差異
,甚至有兩個精子缺失了整個染色體。

“這項研究第一次繪制了個體重組圖譜

,也首次發(fā)現(xiàn)了來自同一個人的不同精子的不同突變率”
,文章的另外一位作者,斯坦福大學婦產(chǎn)科教授barry behr說

目前人類對人類基因的了解達到什么程度了?

2月12日

,中、美
、日
、德、法
、英等6國科學家和美國塞萊拉公司聯(lián)合公布了人類基因組圖譜及初步分析結果
,受到廣泛關注。帶著讀者關心的問題
,記者電話采訪了多年從事人類基因應用研究的余國良博士


人類基因圖譜更清晰、更準確

記者:2000年6月26日
,國際人類基因組計劃與塞萊拉公司聯(lián)合發(fā)布“人類基因組工作草圖”
。今年2月12日兩大科研小組聯(lián)合發(fā)布人類基因組圖譜及“基本信息”。這兩次人類基因組研究發(fā)布到底有什么不同


余博士:正如媒體報道的那樣
,目前得出的有關人類基因組研究結論要比去年“更加準確、清晰
、完整”
。人類有23對染色體,可以理解為每一條染色體就是一條不間斷的長鏈
,人類共有46條這樣的長鏈
。去年6月26日宣布的人類基因工作草圖所反映的是幾萬條片段鏈的情況,需要進行進一步“拼接”;而現(xiàn)在“人類基因圖譜”則反映的是幾千條片段鏈的情形
。到人類真正完成基因組圖
,應該是46條完整的長鏈。也就是說
,科學家們離最終目標———真實反映人類基因組情況越來越近了


人類基因組研究的驚人發(fā)現(xiàn)

記者:塞萊拉公司在《科學》雜志上發(fā)表的論文,從7個方面詳細地介紹了他們的科研情況
,并得出5項研究結論
。加上目前媒體公布的有關人類基因組研究細節(jié),你認為這次科研成果公布中有哪些主要的發(fā)現(xiàn)
?這些發(fā)現(xiàn)意味著什么


余博士:從塞萊拉公司的研究報告看,有這樣幾個主要發(fā)現(xiàn):第一
,人類遺傳基因數(shù)量比原先估計的少很多
。目前研究表明,人類基因組中約有3萬至4萬個蛋白編碼基因
,僅僅是果蠅基因數(shù)目的兩倍
,但人的性狀要比果蠅復雜得多。塞萊拉公司的首席執(zhí)行官文特爾說
,這表明人類并不是完全由編碼蛋白質基因所控制
,基因組的環(huán)境因素在人類生長和發(fā)育中也發(fā)揮著重要作用。第二
,人類基因組中
,基因分布不均勻,部分區(qū)域基因密集
,部分區(qū)域則基因“貧瘠”
。第三,35.3%的基因包含重復的序列
。這說明那些原來被認為是“垃圾”的DNA也起重要作用
,應該被進一步研究。第四
,人類99.9%的基因密碼是相同的
,而差異不到0.1%。這些差異是由“單一核苷酸多樣性”(SNP)產(chǎn)生的
,它構成了不同個體的遺傳基礎
,個體的多樣性被認為是產(chǎn)生遺傳疾病的原因。

基因數(shù)是3萬
、4萬還是10萬

記者:關于人類基因數(shù)量
,國際人類基因組科研小組發(fā)表在《自然》雜志的結論與塞萊拉公司發(fā)表在《科學》雜志的結論并不相同
。塞萊拉公司認為,人類有2.6萬至3.8萬個基因
;國際科研小組則說,人類有3萬至4萬個基因
。這是為什么
?這是不是推翻了以前的“人類有10萬個基因”的說法?

余博士:你談的問題有兩個主要原因
。首先
,兩家科研小組采用不同的基因組測序與分析方法。塞萊拉公司采用“霰彈法”作為其核心分析方法
,從5個人身上提取基因信息
,先把人類基因組隨機分成一定長度(以堿基對數(shù)量分)的片段,讓計算機讀取這些基因片段的堿基對排序
,然后再將這些小片段“拼回去”來驗證
。他們將整個基因組的序列檢測了8次。而國際科研小組則采用“區(qū)域克隆法”進行人類基因組的測序
,分析了10個人的基因信息
。“區(qū)域克隆法”是對特定染色體按一定程度逐步細分成小段基因片段
,供計算機讀取其中堿基對的排序
,然后以特定邏輯方式組裝回去。這兩種方式得到的DNA序列結果應該是一致的
。第二
,關于人類基因組所含基因數(shù)目的差別,由于目前計算機預測編碼蛋白質基因的準確率只有60%至70%
,此外
,各科研小組對測序等問題的理解有所不同等因素,造成了研究結果的差異


但是需要指出的是
,公私兩家機構公布的數(shù)據(jù)都在誤差范圍內,均有極高的科學價值
。脫氧核糖核酸(DNA)是遺傳物質
,它通過核糖核酸(RNA)傳遞遺傳信息,RNA是以DNA一條鏈為模板“轉錄”合成而來
。據(jù)估計
,98%的DNA起結構上的調控作用,只有2%的DNA帶有制造蛋白質的指令?div id="jfovm50" class="index-wrap">,F(xiàn)在兩大科研小組的數(shù)據(jù)是從DNA水平上得出的
;而“人類有10萬多個基因”則是從RNA水平上得出的結論
。所以,這些數(shù)據(jù)不能推翻“人類有10萬個基因”的說法


基因圖譜有助于進一步破譯蛋白質

記者:人類基因組研究的最終目的是使基因技術造福人類
,特別是改善人類醫(yī)療衛(wèi)生水平。這次研究成果對下一步人類基因研究有何幫助
?全球科學家如何使用人類基因信息成果


余博士:兩大科研小組目前最重要的成就是對人類基因的面貌有了更深入的了解,是認識過程的提高
?div id="jfovm50" class="index-wrap">;蚴强刂迫祟惖壬镄誀畹倪z傳物質的功能單位和結構單位,是具有遺傳效應的DNA片段
。每個DNA分子含有很多基因
,每個基因都是一種或幾種蛋白質和化合物的“藍圖”,特定的蛋白質和化合物決定人體的特定細胞和器官的形成與運作
,包括人類的生老病死
。掌握人類基因圖譜,了解基因
、蛋白質及其相互作用機理
,征服癌癥等疑難病癥和延年益壽才能成為可能。

在利用基因進行疾病診斷方面
,過去人們要花很長時間來尋找到底是哪一種基因引發(fā)疾病
。有了基因圖譜,這一過程將大大縮短
。譬如說
,人們要花10年時間才找到導致乳腺癌的基因。如果有完整的人類基因圖譜
,所有遺傳密碼可以存儲在計算機內
,供科研人員進行分析比較。未來個人基因密碼如能掃描出來的話
,研究人員就可將之與正常人的基因圖譜進行對照
,從而快速診斷出病人的疾病,可能不需要1年就能找出致病的基因
。更為重要的是
,基因圖譜將有助于科學家找到治病的新藥。通?div id="jpandex" class="focus-wrap mb20 cf">;蚣膊【怯捎诘鞍椎劝l(fā)生變異
。了解基因對蛋白質的作用,科學家可以設計基因藥物
,利用基因釋放的命令來修復或制造蛋白
,使蛋白按要求控制人體細胞或器官正常運作
,達到治病的目的。要達到這些目的
,科學家下一步的主要科研工作將是研究蛋白質
,也就是新出現(xiàn)的“蛋白質組學”。由于人體內真正起作用的蛋白質的數(shù)量是基因數(shù)量的10多倍
,蛋白質由20多種氨基酸組成
,又有復雜的結構,分析蛋白質將是比破譯基因更為艱巨的科研工作
。但是借助于基因圖譜來研究蛋白質的話,無疑將會大大促進蛋白質的研究
。目前
,科研人員可以在網(wǎng)頁上查找兩大公司公開的人類基因庫的信息。作為私營企業(yè)
,塞萊拉公司則與《科學》雜志等機構簽署協(xié)議
,允許非贏利性組織的科研人員免費查詢其人類基因庫的信息,并使用該公司系統(tǒng)的生物信息分析工具
,但對贏利性組織的科研人員則要收費


基因歧視問題值得關注

記者:人類基因組研究走到目前這一步,將為醫(yī)學研究開創(chuàng)新的紀元
,也可能帶來新的基因歧視問題
。公眾對這個問題的負面反應會不會影響人類基因組進一步研究?

余博士:這個問題是生命科學研究進程中涉及的社會問題
。這次公布的研究細節(jié)認為
,地球上人與人之間基因的差別不到0.1%。這些差異構成了不同個體的遺傳基礎
,并對人類可能染上某種疾病具有一定影響
。科研人員也在擔心
,隨著研究的深入
,基因研究也許會使人的基因遺傳缺陷如患某種疾病的幾率被識別出來,而有關組織機構可能會“乘機”在就業(yè)
、醫(yī)療保險等方面實施歧視
。美國2000年曾做過調查,在被調查對象中有75%的人不希望保險公司知道他們的遺傳信息
。將來
,政府部門需制定具體的規(guī)章來管理公眾的基因信息使用。另一重要問題是
,人類基因組研究也需要公眾的大力支持
。此次基因成果為公眾帶來希望
,公眾對基因科學了解得越多、接受程度越高
,恐懼感就會越少
,對人類基因的態(tài)度就越科學,越能盡快找出解決基因歧視等問題的解決辦法
。同時
,當公眾對生命科學進程責任感增強時,生命科學也才能真正地向縱深發(fā)展
,早日造福人類


中國要在基因研究領域形成自己的知識產(chǎn)權

記者:據(jù)報道,在國際人類基因組計劃中
,我國所承擔的人類基因組1%測序任務的“完成圖”目前已接近尾聲
。“基因是一種有限的資源
、是財富
。”你對中國人類基因組下一步科研有何建議


余博士:目前國外已獲得或正在申請專利的基因數(shù)目已達數(shù)萬個
,國際市場上雖然還沒有基因藥,但已有一些基因藥正在臨床階段
。中國科研人員應該針對國情
,分析中國人基因組的差異性,先對與中國人群易患的疾病相關的基因進行研究
,再瞄準國際上一些疑難病進行研究
。中國科研人員需要瞄準下一步的蛋白質研究,形成自己的知識產(chǎn)權
,從而為中國的制藥公司鋪路
,使基因技術早日造福于中國人,造福于全人類

人類基因組計劃第一條完成全序列測定的是

人類基因組計劃第一條完成全序列測定的是(22號染色體).
1999年12月1日,國際人類基因組計劃聯(lián)合研究小組宣布完整破譯出人體第22對染色體的遺傳密碼,這是
人類首次成功地完成人體染色體完整基因序列的測定,解讀結果刊登在1999年12月2日的《自然》雜志上.22號染色體的解讀工作是由英國桑格中心伊安·坦哈姆博士的研究小組

、日本慶應大學醫(yī)學院清水信義的研究小組、美國奧克拉荷馬大學與華盛頓大學的研究小組共同完成的.

人體哪些細胞可以制備人類染色體標本

人體哪些細胞可以制備人類染色體標本
自主復制DNA序列:自主復制DNA序列具有一個復制起始點,能確保染色體在細胞周期中能夠自我復制,從而保證染色體在世代傳遞中具有穩(wěn)定性和連續(xù)性.
著絲粒DNA序列:著絲粒DNA序列與染色體的分離有關.著絲粒DNA序列能確保染色體在細胞分裂時能被平均分配到2個子細胞中去.
端粒DNA序列:為一段短的正向重復序列,在人類為TTAGGG的高度重復序列.端粒DNA功能是保證染色體的獨立性和遺傳穩(wěn)定性.
(1)人類精子或卵細胞所含全部染色體為一個染色體組

,即22條常染色體+X染色體或22條常染色體+Y染色體
,即②;
(2)人體細胞共有23對染色體
,前1~22對為常染色體
,每對常染色體所含的基因種類一般相同,只需測定其中一條染色體即可
;第23對為性染色體
,男性的性染色體為X和Y
,這兩條性染色體具有不同的基因和堿基序列,因此都需要測定.所以
,人類基因組的研究對象為22條常染色體+X
、Y染色體,即③.

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