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Nucleic,Acid,Research發(fā)布第一個人類自身抗原數據庫

中醫(yī)世家 2024-05-16 17:56:50

2016年10月21日訊 自身抗體是一類由B細胞免疫系統(tǒng)分泌

,可識別自身蛋白(自身抗原)的抗體分子。它對于維持生物體自身平衡
、區(qū)分正常與異常增殖細胞以及免疫系統(tǒng)紊亂中均扮演著關鍵的角色
。鑒于其重要的生理功能,發(fā)現(xiàn)這些自身抗體的靶標抗原并闡明它們在臨床腫瘤和自身免疫病診斷和治療中的價值則顯示出重要的科學意義
。例如
,2012年美國FDA批準了一組由七個腫瘤自身抗原(p53
、NY-ESO-1
、 CAGE
、GBU4-5、Annexin1和SOX2)組成的特征性圖譜
,Early CDT
?-Lung test
,用于肺癌的早期篩查。

自1945年第一個人類自身抗原以來

,國際上對自身抗體及其靶標抗原開展了大量的基礎和應用研究
,發(fā)表文章12萬余篇。然而迄今為止卻尚未有工作系統(tǒng)的匯總和歸納這一類特殊的蛋白分子
。為了填補這一國際空白
,國家蛋白質科學中心(北京)于曉波課題組聯(lián)合李棟、Henning課題組
,采用大量文獻挖掘方法從PubMed數據庫中提取45 830自身抗原摘要和94 313句子,然后采用bio-entity recognizer程序縮小到25 520 摘要
, 43 253 句子和 3984 自身抗原候選分子
。最后由具有豐富研究經驗的專家進行五輪嚴格的人工核對,最終確定了1126自身抗原基因
,涵蓋了腫瘤
、心血管疾病和自身免疫病等1071種人類相關疾病,構建了第一個全面的人類自身抗原數據庫(AAgAtlas1.0)
。對肝癌相關自身抗原開展初步生物信息學分析發(fā)現(xiàn)這些抗原基因參與了細胞周期
、細胞凋亡、基因表達和免疫系統(tǒng)等多個重要的生物學過程
,表明了這些蛋白在肝癌發(fā)生發(fā)展中可能具有扮演重要的角色
。該數據庫對于理解人類自身抗原以及開展基礎和轉化醫(yī)學研究具有重要的應用價值。該工作發(fā)表在2017年Nucleic Acid Res期刊的數據庫?div id="m50uktp" class="box-center"> ??div id="m50uktp" class="box-center"> 。國家蛋白質科學中心(北京)博士生王聃為該文章的第一作者,于曉波
、李棟和Henning Hermjakob教授為共同通訊作者

國家蛋白質科學中心(北京),又稱鳳凰中心

,是國家發(fā)展改革委員會批準立項的國家重大科技基礎設施之一
。擁有高通量、高精度的蛋白質組研究平臺
、蛋白質功能分析平臺
、生物信息學平臺、轉化醫(yī)學平臺以及實驗動物中心
、生物樣本庫等完善的蛋白質研究體系
,主要開展蛋白質組學、代謝組學
、蛋白質功能等創(chuàng)新研究
。其研究成果將廣泛應用和服務于疾病診斷標志物
、新藥創(chuàng)制、傳染病防治
、農作物改良
、生物能源轉化等多個領域發(fā)展。

于曉波 國家蛋白質科學中心(北京)副研究員

,2015年9月入選"鳳凰工程"全球海外人才招聘計劃回國工作
,為國家蛋白質科學中心(北京)蛋白質組學新技術研究室負責人;研究方向是高通量蛋白質組學分析新技術
、蛋白質和抗體圖譜與疾病的相關性
、疾病相關蛋白質分子的發(fā)現(xiàn)與研究。

李棟 國家蛋白質科學中心(北京)研究員

,博士生導師
。北京市優(yōu)秀青年人才,總后勤部優(yōu)秀青年科技人才扶持對象
,Proteomics編委
。主要從事蛋白質組生物信息學研究。

Henning Hermjakob國家蛋白質科學中心(北京)研究員

,領導歐洲生物信息所(EMBL-EBI)的分子系統(tǒng)小組
,通過研究分子間相互作用(IntAct),規(guī)劃途徑(Reactome)到高水平系統(tǒng)生物學模型(BioModels)的蛋白質可視化
。HUPO的創(chuàng)建成員和聯(lián)合主席
,英國蛋白質研究組執(zhí)行委員會成員,以及蛋白質學資深編輯
,Henning Hermjakob致力于蛋白質學和系統(tǒng)生物學的標準化表達

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