PacBio發(fā)布新款測序儀的數(shù)據(jù)集

2016年10月05日訊 Pacific Biosciences公司發(fā)布了擬南芥（Arabidopsis thaliana）的數(shù)據(jù)集和de novo基因組組裝結(jié)果，這是首次在新款測序儀Sequel系統(tǒng)上完成，利用了兩個(gè)SMRT Cell，運(yùn)行時(shí)間為12小時(shí)。

這不是PacBio第一次發(fā)布擬南芥的數(shù)據(jù)集。三年前，他們發(fā)布了PacBio RS II的擬南芥組裝結(jié)果，利用的是P4-C2試劑和85個(gè)SMRT Cell，運(yùn)行時(shí)間高達(dá)255個(gè)小時(shí)。四個(gè)月后，他們利用改進(jìn)的P5-C3試劑發(fā)布第二版的數(shù)據(jù)集，將SMRT Cell數(shù)量減少到46個(gè)，而時(shí)間也縮短至138小時(shí)。

在PacBio博客上，他們簡單介紹了一下整個(gè)過程。純化的擬南芥基因組DNA被剪切成32 kb左右，之后轉(zhuǎn)換成SMRTbell模板，然后在BluePippin系統(tǒng)（Sage Science）上開展20 kb的大小選擇。每個(gè)SMRT Cell上樣144 pM濃度的文庫，并利用改進(jìn)后的試劑在Sequel系統(tǒng)上運(yùn)行6個(gè)小時(shí)?？偟膩碚f，兩個(gè)SMRT Cell產(chǎn)生了10.8 Gb的數(shù)據(jù)，包含在110萬條序列中，其中一半的序列長度超過16,400 bp。

PacBio表示，最新的試劑改進(jìn)使得DNA需求量大大減少。在這之前，在Sequel系統(tǒng)上運(yùn)行多個(gè)大型基因組計(jì)劃所需的DNA往往令人望而卻步。如今，試劑改進(jìn)之后，上樣濃度與PacBio RS II相當(dāng)。

與三年前首次發(fā)布的數(shù)據(jù)相比，擬南芥的基因組組裝雖然不是開創(chuàng)性的，但是各方面都有了改進(jìn)。這種模式生物的數(shù)據(jù)集表明，有了最新的改進(jìn)，Sequel系統(tǒng)能夠讓復(fù)雜真核生物的高質(zhì)量組裝變得常規(guī)。據(jù)介紹，這種試劑正在測試中，將在測試完成后提供。

Sequel系統(tǒng)于2015年年底上市。它仍然采用PacBio經(jīng)典的SMRT技術(shù)，但體積和重量僅為PacBio RS II系統(tǒng)的1/3左右，價(jià)格也降了不少。同時(shí)，它的測序通量也提高7倍，讓測序速度更快價(jià)格更便宜。

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