Cancer,Res：重磅！瘤內(nèi)化學(xué)物質(zhì)刺激免疫系統(tǒng)抑制腫瘤！

Cancer,Res：重磅！瘤內(nèi)化學(xué)物質(zhì)刺激免疫系統(tǒng)抑制腫瘤！

根據(jù)一項(xiàng)新研究，腫瘤中發(fā)現(xiàn)的一種化學(xué)物質(zhì)可以幫助抑制腫瘤生長(zhǎng)。來(lái)自伊利諾伊大學(xué)（UIC）的研究人員發(fā)現(xiàn)直腸癌小鼠腫瘤中高表達(dá)的一種叫做LIGHT的細(xì)胞因子可以激活免疫系統(tǒng)中的腫瘤殺傷性T淋巴細(xì)胞，導(dǎo)致原發(fā)灶和肝臟轉(zhuǎn)移灶的腫瘤縮小。LIGHT是一種免疫調(diào)節(jié)化學(xué)信號(hào)因子，此前研究人員發(fā)現(xiàn)患有轉(zhuǎn)移性直腸癌的病人腫瘤中該物質(zhì)表達(dá)量很低。相關(guān)研究成果發(fā)表在Cancer Research上。

直腸癌是美國(guó)癌癥相關(guān)死亡的第二大死因，盡管治療方法有所進(jìn)展，但是發(fā)生肝轉(zhuǎn)移的病人很難有較長(zhǎng)生存期。

“對(duì)大多數(shù)發(fā)生肝轉(zhuǎn)移的直腸癌病人而言，目前的治療方法只能緩解病情，無(wú)法治愈?！盪IC醫(yī)學(xué)院外科副教授及文章通訊作者Ajay Maker博士說(shuō)道，“盡管研究已經(jīng)表明免疫治療可能是一種很有潛力的對(duì)抗晚期腫瘤的方法，但是使用這種方法治療晚期胃腸道癌癥轉(zhuǎn)移病人并不是很成功?！?/p>

Maker是一個(gè)外科腫瘤醫(yī)師，他認(rèn)為這項(xiàng)研究很令人興奮，因?yàn)檫@項(xiàng)研究似乎找到了一種針對(duì)此前對(duì)免疫治療無(wú)反應(yīng)的胃腸道癌癥病人的免疫干預(yù)手段。他認(rèn)為這種干預(yù)可以訓(xùn)練免疫系統(tǒng)識(shí)別并攻擊癌癥，并防止產(chǎn)生新的腫瘤，而這對(duì)直腸癌病人而言至關(guān)重要。

Maker及其同事在免疫系統(tǒng)完整的小鼠身上建立了直腸癌腫瘤模型，一旦腫瘤長(zhǎng)到可以測(cè)量的大小，這些小鼠就被隨機(jī)分為兩組，其中一組小鼠腫瘤中的LIGHT被開(kāi)啟，而另一組作為對(duì)照組。結(jié)果發(fā)現(xiàn)T細(xì)胞會(huì)遷移到開(kāi)啟LIGHT的腫瘤中，導(dǎo)致腫瘤快速持續(xù)變小，這種情況甚至在LIGHT停止表達(dá)之后仍然持續(xù)一段時(shí)間。對(duì)于發(fā)生肝轉(zhuǎn)移的小鼠，腫瘤表達(dá)LIGHT后也產(chǎn)生了相似的免疫反應(yīng)，導(dǎo)致腫瘤體積顯著減小。

“我們的研究表明將治療性免疫刺激細(xì)胞因子輸送到腫瘤中可以促進(jìn)T細(xì)胞浸潤(rùn)到腫瘤中并成為活化的腫瘤殺傷細(xì)胞?！盡aker說(shuō)道，“這些細(xì)胞活性令人非常興奮，因?yàn)樵跓o(wú)需化療或者其他干預(yù)手段的情況下就產(chǎn)生了持續(xù)的抗腫瘤免疫反應(yīng)。這種方法通過(guò)操縱我們的自然免疫防御以對(duì)抗外來(lái)入侵物的方法對(duì)抗癌癥?！?/p>

“我們不僅發(fā)現(xiàn)LIGHT表達(dá)可以促進(jìn)腫瘤消退，通過(guò)進(jìn)一步研究我們還發(fā)現(xiàn)了一種特殊的CD8 T細(xì)胞是導(dǎo)致腫瘤消退的原因?！盡aker說(shuō)道，“這些發(fā)現(xiàn)很有用，具有很大的臨床應(yīng)用潛力?！?/p>

熱點(diǎn)綜述 | circRNA在癌癥和腫瘤學(xué)中的新作用

在過(guò)去的十年中，環(huán)狀RNA (circRNAs)作為一大類主要是非編碼RNA分子出現(xiàn)，通過(guò)不同的作用機(jī)制在癌癥的發(fā)生和發(fā)展中發(fā)揮關(guān)鍵作用。此前，《 Nature Reviews Clinical Oncology 》發(fā)表了題為“The emerging roles of circRNAs ?in cancer and oncology”的綜述文章， 回顧了目前關(guān)于circRNA在癌癥中的生物發(fā)生、調(diào)節(jié)和功能的知識(shí)，以及它們作為生物標(biāo)記物、治療劑和藥物靶點(diǎn)的臨床潛力。

circRNA的生物生成依賴于典型的剪接體機(jī)制，但其效率遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于常規(guī)的線性剪接。然而，一旦circRNAs形成，它們就特別穩(wěn)定，并能在細(xì)胞質(zhì)中積累。

典型RNA剪接通過(guò)內(nèi)含子將上游5′剪接位點(diǎn)（剪接供體）連接到下游3′剪接位點(diǎn)（剪接受體），導(dǎo)致相鄰?fù)怙@子之間的內(nèi)含子被移除。然而，許多前mRNA可以進(jìn)行反剪接，即下游剪接供體與上游剪接受體相連接，跨越一個(gè)或多個(gè)外顯子，產(chǎn)生一個(gè)共價(jià)封閉的circRNA。對(duì)于許多基因來(lái)說(shuō)，前mRNA的線性剪接和反剪接之間會(huì)發(fā)生競(jìng)爭(zhēng)，有幾個(gè)因素會(huì)影響這兩種剪接方式的平衡。在癌癥中，這種平衡經(jīng)常被破壞，導(dǎo)致circRNA的表達(dá)失調(diào)。

反向剪接需要在下游剪接供體和上游剪接受體位點(diǎn)兩側(cè)的內(nèi)含子上繞圈，使這些剪接位點(diǎn)接近，并產(chǎn)生外顯子circRNAs（EcircRNAs）；或者，如果內(nèi)含子保留在環(huán)中，則產(chǎn)生外顯子-內(nèi)含子環(huán)狀RNA（EIciRNAs）。反向內(nèi)含子重復(fù)序列（如Alu元件）、非重復(fù)互補(bǔ)序列或RNA結(jié)合蛋白（RBPs）的二聚化可促進(jìn)環(huán)狀結(jié)構(gòu)的形成。

一種新型的circRNAs，即readthrough?circRNAs，是通過(guò)轉(zhuǎn)錄終止的失敗而產(chǎn)生的，轉(zhuǎn)錄本由此延伸到下游基因并隨后反向擴(kuò)增。因此，circRNA可以包含來(lái)自相鄰基因的外顯子。轉(zhuǎn)錄終止的整體效率已被證明在癌癥中發(fā)生了改變，這增加了readthrough circRNAs影響疾病表型的可能性。

由于易位連接上游和下游內(nèi)含子中互補(bǔ)序列的并置，染色體易位可導(dǎo)致融合circRNAs（f-circRNAs），這可能獨(dú)立于其融合蛋白對(duì)應(yīng)物而促進(jìn)癌癥的發(fā)展。與致癌融合蛋白結(jié)合，f-circRNA甚至可以促進(jìn)體內(nèi)白血病的進(jìn)展。

此外，circRNA可以通過(guò)其宿主基因啟動(dòng)子的超甲基化或改變組蛋白修飾而經(jīng)歷癌癥特異性轉(zhuǎn)錄沉默。

EcircRNAs主要定位于細(xì)胞質(zhì)，而EIciRNAs和ciRNAs通常保留在細(xì)胞核中。circRNAs如何從細(xì)胞核中輸出尚不完全清楚，但ATP依賴的RNA螺旋酶DDX39A和剪接體RNA螺旋酶DDX39B已被證明參與這一過(guò)程，其方式取決于circRNA的長(zhǎng)度。此外，N6-甲基腺苷（m6A）修飾經(jīng)常出現(xiàn)在circRNA中，并被證明會(huì)影響其出核。

circRNA對(duì)線性RNA降解機(jī)制有抵抗力，circRNA降解的機(jī)制尚待完全闡明。例如ciRS-7（也稱為CDR1as），可以通過(guò)依賴于特定miRNA的高度互補(bǔ)結(jié)合位點(diǎn)miR-671的方式降解，該位點(diǎn)可以觸發(fā)Argonaute 2（AGO2）對(duì)產(chǎn)生的雙鏈RNA雙鏈體的切割，Argonaute 2是RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物的關(guān)鍵成分。在一個(gè)更全面的層面上，核內(nèi)核糖核酸酶與circRNA降解有關(guān)。此外，高度結(jié)構(gòu)化的circRNAA可能會(huì)受到ATP依賴性解旋酶UPF1和G3BP1介導(dǎo)的降解，其降解方式可能取決于G3BP1固有的內(nèi)切核酸酶活性。

circRNA發(fā)揮其功能從而影響癌癥發(fā)生和發(fā)展的機(jī)制多種多樣。circRNA的序列和穩(wěn)定性、轉(zhuǎn)錄后修飾、二級(jí)結(jié)構(gòu)以及它們的積累方式和定位決定了它們的功能。

MicroRNA sponging 。 位于細(xì)胞質(zhì)中的circRNAs可以通過(guò)對(duì)miRNAs的海綿化作用參與轉(zhuǎn)錄后的基因調(diào)控，從而阻止特定的miRNAs與靶mRNAs相互作用并抑制它們。最好的miRNA海綿候選者ciRS-7含有超過(guò)60個(gè)miR-7結(jié)合位點(diǎn)，可能在某些組織中作為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源性RNA（ceRNA）發(fā)揮作用。然而，ciRS-7在癌細(xì)胞中作為ceRNA發(fā)揮作用的觀點(diǎn)受到了挑戰(zhàn)，在推斷circRNA的miRNA海綿特性時(shí)，應(yīng)考慮該領(lǐng)域的一些爭(zhēng)議。CircHIPK3是另一個(gè)具有潛在海棉特性的circRNA的例子，它可能結(jié)合幾種不同的miRNA，包括抑制腫瘤的miR-124，沉默這種circRNA可以抑制細(xì)胞生長(zhǎng)。

蛋白質(zhì)相互作用 。 一些circRNAs可以與RBP相互作用，起到蛋白質(zhì)海綿或抑制劑的作用，可以作為支架使不同的蛋白質(zhì)接近，或者可以將蛋白質(zhì)招募到特定的亞細(xì)胞隔室。例如一種在HeLa細(xì)胞中具有蛋白質(zhì)海綿特性的circRNA，即circPABPN1，它與線性 PABPN1 mRNA競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合ELAV1（也稱為HuR），從而抑制PABPN1翻譯。

circRNA的翻譯 。檢測(cè)circRNA衍生肽或蛋白質(zhì)的實(shí)驗(yàn)存在許多缺陷，因此應(yīng)仔細(xì)設(shè)計(jì)。作為一個(gè)類別，circRNAs通常被認(rèn)為是非編碼的；然而，包括circ-ZNF609和circMbl在內(nèi)的特定circRNA含有內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)（IRES），可以進(jìn)行不依賴于cap的翻譯，而包括circARHGAP35在內(nèi)的其他circRNA可以進(jìn)行m6A依賴翻譯。一些circRNA，包括一個(gè)來(lái)源于E-鈣粘蛋白基因（CDH1）的circRNA（命名為circ-E-Cad），編碼在癌癥中具有潛在功能相關(guān)性的獨(dú)特肽，本綜述稍后將進(jìn)一步討論。circRNA還可以編碼與癌癥功能相關(guān)的較大蛋白質(zhì)（如circARHGAP35和circMAPK1產(chǎn)生的致癌蛋白質(zhì)）。此外，來(lái)源于病毒的circRNA可以被翻譯，如來(lái)源于人乳頭瘤病毒的circE7，其在宮頸癌和頭頸癌中大量表達(dá)并具有致癌活性。

circRNA主要是在疾病背景下研究的，但越來(lái)越多的證據(jù)也表明在正常生理?xiàng)l件下具有重要功能。在這里，我們關(guān)注與癌癥相關(guān)的細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)過(guò)程。有趣的是， 多項(xiàng)研究指出了特定circRNA在維持胚胎和成人干細(xì)胞的干細(xì)胞和多能干細(xì)胞中的關(guān)鍵作用，而其他研究表明circRNA是干細(xì)胞分化和組織發(fā)育、維持和恢復(fù)的重要決定因素。

在致癌轉(zhuǎn)化過(guò)程中，經(jīng)常觀察到從頭獲得的干細(xì)胞和發(fā)育基因表達(dá)程序，由此產(chǎn)生的細(xì)胞具有無(wú)限的自我更新潛力。因此 circRNA包括上面描述的那些作用，有望在解除管制時(shí)在癌癥發(fā)展中發(fā)揮作用。 例如，circ-ZNF609已在癌癥中被廣泛研究，并顯示通過(guò)增強(qiáng)肝癌細(xì)胞的干性促進(jìn)肝癌的發(fā)生。在機(jī)制上，circ-ZNF609通過(guò)分泌miR-15a-5p和miR-15b-5p激活HCC細(xì)胞中的Hedgehog信號(hào)，其參與Hedgehog信號(hào)通路轉(zhuǎn)錄因子GLI2的轉(zhuǎn)錄后沉默。CircZKSCAN1和circEPHB4是另外兩個(gè)分別調(diào)節(jié)肝癌和膠質(zhì)瘤中腫瘤干細(xì)胞特性的circRNA的例子。此外，來(lái)源于E-鈣粘蛋白前體mRNA的circ-E-Cad編碼肽C-E-Cad，與EGFR相互作用并激活下游STAT3信號(hào)，從而促進(jìn)癌細(xì)胞增殖、存活和侵襲，從而有助于維持膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中的癌干細(xì)胞狀態(tài)。源自致癌病毒的circRNAs也可能誘發(fā)癌癥干細(xì)胞的特性，如胃癌中Epstein-Barr病毒衍生的circLMP2A就是一個(gè)例子。

除了癌細(xì)胞干性之外，在所有常見(jiàn)的癌癥類型和許多罕見(jiàn)的惡性腫瘤中都觀察到廣泛的circRNA表達(dá)失調(diào)，在快速增殖的癌細(xì)胞中circRNA水平通常降低。

調(diào)控細(xì)胞周期的circRNA。 已發(fā)現(xiàn)許多單獨(dú)的環(huán)狀RNA促進(jìn)細(xì)胞周期進(jìn)展。研究者們發(fā)現(xiàn)許多circRNA是細(xì)胞增殖所必需的，包括circHIPK3和circKLHL，對(duì)于這些circRNAs，用短發(fā)夾RNA介導(dǎo)的敲除法也觀察到了類似的表型。對(duì)circFAM120A進(jìn)一步的機(jī)制分析，發(fā)現(xiàn)這種circRNA通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性地與IGF2BP2（一種翻譯抑制劑）結(jié)合，促進(jìn)了來(lái)自其宿主基因FAM120A（一種參與AKT信號(hào)通路的腫瘤基因）的mRNA的有效翻譯，盡管circRNA的含量比mRNA少。這一發(fā)現(xiàn)意味著IGF2BP2優(yōu)先與circRNA轉(zhuǎn)錄物結(jié)合，而circFAM120A的m6A修飾被證明是其增強(qiáng)IGF2BP2結(jié)合能力的原因。與FAM120A一樣，MAPK1是一個(gè)直接參與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的致癌基因，導(dǎo)致細(xì)胞增殖。在肺鱗癌中，源自TP63基因的circRNA的上調(diào)，circTP63也能促進(jìn)細(xì)胞增殖。Circ-ZNF609還通過(guò)調(diào)節(jié)G1/S轉(zhuǎn)換直接參與細(xì)胞周期。CircPVT1來(lái)自非編碼的PVT1基因座，是另一個(gè)在癌癥中被廣泛研究的circRNA，大多數(shù)研究表明其致癌活性是通過(guò)增強(qiáng)細(xì)胞周期的進(jìn)展。

circRNA與細(xì)胞凋亡或自噬。 盡管獲得了大量的遺傳和表觀遺傳畸變，避免細(xì)胞凋亡是癌細(xì)胞繼續(xù)增殖的關(guān)鍵--因此也是腫瘤生長(zhǎng)的關(guān)鍵。許多單獨(dú)的circRNAs已經(jīng)被證明可以通過(guò)抑制或誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡來(lái)發(fā)揮作用。后者的一個(gè)例子是circ-Foxo3，它與MDM2結(jié)合并阻止其與FOXO3相互作用，從而抑制其宿主基因的蛋白體產(chǎn)物的泛素介導(dǎo)的蛋白體降解。自噬是另一個(gè)在癌癥中起重要作用的過(guò)程，已證明可促進(jìn)自噬的circRNA實(shí)例包括卵巢癌和乳腺癌中的circRAB11FIP1和circr-DNMT1。

參與血管生成的circRNA。 血管生成是癌細(xì)胞進(jìn)入血管系統(tǒng)并隨后轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。在膀胱癌中，circHIPK3的下調(diào)與侵襲性腫瘤表型和不利的臨床結(jié)果有關(guān)，可能反映了這種circRNA在血管生成和轉(zhuǎn)移中的抑制作用。circHIPK3已被證明能海綿化miR-558，鑒于它與啟動(dòng)子區(qū)域結(jié)合并上調(diào)HPSE的轉(zhuǎn)錄，其具有miRNA的非經(jīng)典功能。HPSE編碼肝素酶，這是一種內(nèi)切糖苷酶，可裂解細(xì)胞表面和細(xì)胞外基質(zhì)硫酸肝素蛋白多糖，導(dǎo)致血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子（VEGF）和基質(zhì)金屬蛋白酶9（MMP9）的釋放，兩者都是重要的促血管生成因素。circSMARCA5是抑制血管生成的circRNA的另一個(gè)例子。相反，circRNA可以誘導(dǎo)血管生成，例如circ-CCAC1在膽管癌中的應(yīng)用和circPOK在肉瘤中的應(yīng)用。

circRNA與無(wú)限增殖。 保護(hù)染色體末端的端粒對(duì)于癌細(xì)胞無(wú)限增殖的能力至關(guān)重要，一些circRNA被認(rèn)為可以影響端粒酶的活性，包括circMEG3和circWHSC1。

circRNA與細(xì)胞能量。 癌細(xì)胞需要重新規(guī)劃它們的能量代謝，以便在氧氣和葡萄糖供應(yīng)的波動(dòng)條件下不斷為細(xì)胞的生長(zhǎng)和分裂提供能量。α-烯醇化酶由ENO1編碼，是一種重要的糖酵解酶，有助于癌癥的進(jìn)展。有趣的是，該基因還產(chǎn)生一種circRNA：circ-ENO1，已被證明通過(guò)分泌miR-22-3p促進(jìn)糖酵解和肺腺癌的進(jìn)展，導(dǎo)致其線性mRNA對(duì)應(yīng)物的上調(diào)。而circATP2B1則是促進(jìn)糖酵解的另一個(gè)例子。

circRNA和腫瘤免疫監(jiān)測(cè)。 免疫系統(tǒng)協(xié)調(diào)各種保護(hù)性反應(yīng)以對(duì)抗腫瘤的發(fā)展，內(nèi)源性circRNA通過(guò)結(jié)合和抑制蛋白激酶R（PKR）參與抑制先天性免疫反應(yīng)。核酸傳感器RIG-I也可以檢測(cè)到外源（但不是內(nèi)源性）circRNA，它誘導(dǎo)I型和III型干擾素應(yīng)答。circNDUFB2通過(guò)破壞其解旋酶和CARD結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用來(lái)激活RIG-I，從而增強(qiáng)了RIG-I和線粒體抗病毒信號(hào)蛋白（MAVS）之間的相互作用，從而增強(qiáng)了NSCLC細(xì)胞的免疫原性。來(lái)自小鼠模型的數(shù)據(jù)證實(shí)了這些發(fā)現(xiàn)。

circRNA在侵襲和轉(zhuǎn)移中的作用。 癌細(xì)胞的轉(zhuǎn)移擴(kuò)散是癌癥最致命的方面。EMT是腺癌進(jìn)展的關(guān)鍵過(guò)程之一，并已被證明其由若干circRNA和circRNA生物發(fā)生因子促進(jìn)。其他已被證明促進(jìn)轉(zhuǎn)移的circRNA包括分別來(lái)自小細(xì)胞肺癌和非小細(xì)胞肺癌中FLI1（FECR）和EML4–ALK融合基因（F-circEA-2a）的circRNA。

circRNA通常以組織特異性甚至細(xì)胞類型特異性的方式表達(dá)。此外，許多單個(gè)的circRNA在腫瘤中相對(duì)于相鄰非惡性組織有差異表達(dá)，并與某些臨床特征相關(guān)，如腫瘤大小、組織學(xué)分級(jí)、淋巴結(jié)、轉(zhuǎn)移（TNM）分期等。這些發(fā)現(xiàn)突出了circRNA作為有前途的診斷和預(yù)后生物標(biāo)記物的重要性，其在生物流體（如血漿、唾液和尿液）中的高穩(wěn)定性和可檢測(cè)性進(jìn)一步證實(shí)了這一點(diǎn)。

circRNA作為預(yù)后生物標(biāo)志物。 ciRS-7被認(rèn)為是通過(guò)在癌細(xì)胞中海綿化miR-7而發(fā)揮癌基因的功能，并與大多數(shù)癌癥類型的預(yù)后不良有關(guān)。然而，2020年公布的數(shù)據(jù)顯示，經(jīng)典癌基因驅(qū)動(dòng)型腺癌的癌細(xì)胞中完全沒(méi)有這種circRNA。雖然這些發(fā)現(xiàn)似乎相互矛盾，但ciRS-7在位于這些腫瘤內(nèi)的基質(zhì)細(xì)胞中非常豐富，并且在包括結(jié)腸、乳腺和肺在內(nèi)的多種腺癌中，高比例的基質(zhì)細(xì)胞是一個(gè)強(qiáng)有力的獨(dú)立預(yù)后因素。在一些研究中被認(rèn)為是預(yù)后生物標(biāo)志物的其他circRNAs包括circUBAP2和circLARP4。盡管circRNA的 panels或signatures被證明可能是更可靠的生物標(biāo)志物，但是單獨(dú)的circRNA也可能具有預(yù)后價(jià)值。

circRNA作為診斷生物標(biāo)記物 。有證據(jù)表明circRNA具有區(qū)分癌癥亞型的潛力，這通常有助于指導(dǎo)治療決策。例如，在非小細(xì)胞肺癌中，circACVR2A的低表達(dá)和circCCNB1的高表達(dá)可能分別有助于區(qū)分腺癌和鱗狀細(xì)胞癌。此外，circRNAs也可以被非侵入性地檢測(cè)，并可能被用于診斷。

circRNA作為預(yù)測(cè)性生物標(biāo)記物。 通過(guò)預(yù)測(cè)對(duì)治療的反應(yīng)，circRNA可以幫助臨床醫(yī)生在限制毒性的同時(shí)實(shí)現(xiàn)最佳患者結(jié)局。例如在乳腺癌和前列腺癌中，可以通過(guò)測(cè)量特定circRNA的表達(dá)水平來(lái)預(yù)測(cè)內(nèi)分泌治療反應(yīng)。circRNA的表達(dá)水平也可能有助于預(yù)測(cè)對(duì)各種化療藥物的反應(yīng)。例如，在鼻咽癌患者中，基于circCRIM1表達(dá)和N分期，可以預(yù)測(cè)對(duì)含多西紫杉醇的誘導(dǎo)化療的不同反應(yīng)。此外，臨床前研究表明，circRNA也在免疫治療抵抗中發(fā)揮作用。circRNA還可能用于預(yù)測(cè)未來(lái)治療的不良反應(yīng)，有數(shù)據(jù)表明circRNA作為各種毒性的保護(hù)劑或介導(dǎo)劑的功能作用。

用于早期檢測(cè)的circRNA。 鑒于大多數(shù)癌癥一旦轉(zhuǎn)移就無(wú)法治愈，早期癌癥檢測(cè)是降低發(fā)病率和死亡率的關(guān)鍵。由于其高穩(wěn)定性和組織特異性表達(dá)，circRNA作為早期癌癥檢測(cè)的微創(chuàng)生物標(biāo)記物具有巨大潛力。一項(xiàng)多中心研究的數(shù)據(jù)表明，基于血漿的circRNA生物標(biāo)記物在早期檢測(cè)HCC方面表現(xiàn)良好，在區(qū)分HBV相關(guān)HCC患者與非HCC患者方面的準(zhǔn)確性高于甲胎蛋白。circRNA也被證明富含血清外小體，并具有早期診斷結(jié)直腸癌的潛力，而另一項(xiàng)研究顯示，來(lái)自血清細(xì)胞外小泡的兩種circRNA，circHIPK3和circSMARCA5,，在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的早期診斷中具有強(qiáng)大的潛力。

circRNA功能喪失療法 。circRNA在腫瘤發(fā)生中的既定功能作用將其確定為抗癌治療的明顯靶點(diǎn)。使用反義技術(shù)可以選擇性地抑制或降解致癌的circRNA。一種選擇是使用CRISPR–Cas9系統(tǒng)，但是涉及倫理及不可預(yù)測(cè)的選擇性剪接事件風(fēng)險(xiǎn)；可以選擇RNA干擾、CRISPR–Cas13系統(tǒng)等更常見(jiàn)的方式進(jìn)行。目前為止，大多數(shù)功能缺失的研究都是在臨床前動(dòng)物模型中使用RNAi進(jìn)行circRNA敲除，并且還沒(méi)有circRNA靶向治療進(jìn)入臨床試驗(yàn)。

circRNA功能獲得療法 。 新的癌癥治療也可能基于circRNA功能的獲得，或者通過(guò)天然腫瘤抑制因子circRNA的過(guò)度表達(dá)，或者通過(guò)含有腫瘤抑制因子的人工circRNA的表達(dá)。在臨床前研究中，最常見(jiàn)的方法是提供含有重復(fù)miRNA結(jié)合位點(diǎn)的circRNA，它可以作為致癌miRNA的ceRNAs。此外，circRNA所發(fā)揮的治療作用并不局限于RNA元素，還可以是蛋白質(zhì)。

鑒于大多數(shù)circRNA的表達(dá)水平非常低，并且可能是非功能性的， 未來(lái)的研究應(yīng)更關(guān)注研究中circRNA的豐度。 此外，作者鼓勵(lì)旨在 解決作用機(jī)制和病理生理作用的研究。 考慮到m6A修飾已被證明能增強(qiáng)某些circRNA的蛋白質(zhì)吸附和翻譯潛能， 研究circRNA轉(zhuǎn)錄后化學(xué)修飾的功能相關(guān)性也將很重要 。

盡管circRNAs在癌癥中的作用機(jī)制和病理生理作用存在爭(zhēng)議，但這些分子作為診斷、預(yù)后和預(yù)測(cè)性生物標(biāo)記物仍具有特殊的前景。

目前circRNA表達(dá)譜僅在有限數(shù)量的癌癥實(shí)體中得到全面分析，而 circRNA表達(dá)譜與驅(qū)動(dòng)癌基因突變之間的關(guān)系 通常知之甚少。此外，由于技術(shù)挑戰(zhàn)，缺乏 單細(xì)胞水平和空間分辨率的circRNA表達(dá)數(shù)據(jù) 。這些研究對(duì)于理解circRNA的功能以及推動(dòng)未來(lái)生物標(biāo)記物的發(fā)現(xiàn)和發(fā)展至關(guān)重要。

首發(fā)公號(hào)：國(guó)家基因庫(kù)大數(shù)據(jù)平臺(tái)

參考文獻(xiàn)

Kristensen L S, Jakobsen T, Hager H, et al. The emerging roles of circRNAs in cancer and oncology[J]. Nature Reviews Clinical Oncology, 2021: 1-19.

你好，我想問(wèn)一下惡性腫瘤

在醫(yī)學(xué)上，癌（cancer）是指起源于上皮組織的惡性腫瘤，是惡性腫瘤中最常見(jiàn)的一類。相對(duì)應(yīng)的，起源于間葉組織的惡性腫瘤統(tǒng)稱為肉瘤。有少數(shù)惡性腫瘤不按上述原則命名，如腎母細(xì)胞瘤、惡性畸胎瘤等。一般人們所說(shuō)的“癌癥”習(xí)慣上泛指所有惡性腫瘤。癌癥具有細(xì)胞分化和增殖異常、生長(zhǎng)失去控制、浸潤(rùn)性和轉(zhuǎn)移性等生物學(xué)特征，其發(fā)生是一個(gè)多因子、多步驟的復(fù)雜過(guò)程，分為致癌、促癌、演進(jìn)三個(gè)過(guò)程，與吸煙、感染、職業(yè)暴露、環(huán)境污染、不合理膳食、遺傳因素密切相關(guān)。
惡性腫瘤的病因尚未完全了解。目前較為明確的與癌癥有關(guān)的因素可分為外源性和內(nèi)源性兩大類：
1.外源性因素
（1）生活習(xí)慣 如吸煙等不良生活習(xí)慣，與癌癥發(fā)生密切相關(guān)。約1/3因癌癥而死亡的患者與吸煙有關(guān)，吸煙是肺癌的主要危險(xiǎn)因素。攝入大量烈性酒可導(dǎo)致口腔、咽喉、食管惡性腫瘤的發(fā)生。高能量高脂肪食品可增加乳腺癌、子宮內(nèi)膜癌、前列腺癌、結(jié)腸癌的發(fā)病率。飲用污染水、吃霉變食物可誘發(fā)肝癌、食管癌、胃癌。
（2）環(huán)境污染與職業(yè)性 空氣、飲水、食物的污染均可對(duì)人類造成嚴(yán)重危害。世界衛(wèi)生組織已公布的與環(huán)境有關(guān)的致癌性物質(zhì)包括：砷、石棉、聯(lián)苯胺、4-氨基聯(lián)苯、鉻、乙烯雌酚、放射性氡氣、煤焦油、礦物油、偶聯(lián)雌激素等等。環(huán)境中的這些化學(xué)的或物理的致癌物通過(guò)體表、呼吸和消化道進(jìn)入人體，誘發(fā)癌癥。
（3）天然及生物因素 天然因素也可以致癌，例如在一定條件下紫外線可引起皮膚癌。生物因素主要為病毒，其中1/3為DNA病毒，2/3為RNA病毒。DNA病毒如EB病毒與鼻咽癌、伯基特淋巴瘤有關(guān)，人類乳頭狀病毒感染與宮頸癌有關(guān)，乙型肝炎病毒與肝癌有關(guān)。RNA病毒如T細(xì)胞白血病/淋巴瘤病毒與T細(xì)胞白血病/淋巴瘤有關(guān)。此外，細(xì)菌、寄生蟲(chóng)、真菌在一定條件下均可致癌，如幽門螺桿菌感染與胃癌發(fā)生有關(guān)系，埃及血吸蟲(chóng)病被證實(shí)可誘發(fā)膀胱癌，黃曲霉菌及其毒素可致肝癌。
（4）慢性刺激與創(chuàng)傷 創(chuàng)傷和局部慢性刺激如燒傷深瘢痕和皮膚慢性潰瘍均可能發(fā)生癌變等。
（5）醫(yī)源性因素 如電離輻射，如X線、放射性核素可引起皮膚癌、白血病等；細(xì)胞毒藥物、激素、砷劑、免疫抑制劑等均有致癌的可能性。
2.內(nèi)源性因素
（1）遺傳因素 真正直接遺傳的腫瘤只是少數(shù)不常見(jiàn)的腫瘤，遺傳因素在大多數(shù)腫瘤發(fā)生中的作用是增加了機(jī)體發(fā)生腫瘤的傾向性和對(duì)致癌因子的易感性，即所謂的遺傳易感性，包括染色體不穩(wěn)定、基因不穩(wěn)定以及微衛(wèi)星不穩(wěn)定。如家族性結(jié)腸腺瘤性息肉者，因存在胚系細(xì)胞APC基因突變，40歲以后大部分均有大腸癌變；Brca-1、Brca-2突變與乳腺癌發(fā)生相關(guān)，發(fā)生率達(dá)80%以上。
（2）免疫因素 先天性或后天性免疫缺陷易發(fā)生惡性腫瘤，如丙種蛋白缺乏癥患者易患白血病和淋巴造血系統(tǒng)腫瘤，AIDS（艾滋?。┗颊邜盒阅[瘤發(fā)生率明顯增高。但大多數(shù)惡性腫瘤發(fā)生于免疫機(jī)能“正?！钡娜巳?，主要原因在于腫瘤能逃脫免疫系統(tǒng)的監(jiān)視并破壞機(jī)體免疫系統(tǒng)，機(jī)制尚不完全清楚。
（3）內(nèi)分泌因素 體內(nèi)激素水平異常是腫瘤誘發(fā)因素之一，如雌激素和催乳素與乳腺癌有關(guān)，生長(zhǎng)激素可以刺激癌的發(fā)展。

如何從腫瘤免疫應(yīng)答的角度設(shè)計(jì)研究思路？

在抗腫瘤免疫應(yīng)答過(guò)程中，藥物的療效很大程度上取決于腫瘤特異的效應(yīng)性免疫細(xì)胞的功能狀態(tài)，而效應(yīng)細(xì)胞的增殖和活性受免疫檢查點(diǎn)共刺激和共抑制信號(hào)的共同調(diào)節(jié)。因此增加抗腫瘤免疫反應(yīng)往往是通過(guò) 增強(qiáng)作為正向調(diào)節(jié)的共刺激信號(hào)，或阻斷負(fù)向調(diào)節(jié)的抑制信號(hào) 。但往往事情沒(méi)有我們想的那么簡(jiǎn)單，尤其是在異質(zhì)性很強(qiáng)的腫瘤微環(huán)境中，各種免疫調(diào)控網(wǎng)絡(luò)紛繁復(fù)雜，這也就促使我們采用多種免疫檢查點(diǎn)抑制劑聯(lián)合治療的方案。

目前發(fā)現(xiàn)具有可用于藥物治療的免疫檢查點(diǎn)分子有很多： PD-1, PD-L1, CTLA4, LAG-3, TIM-3, TIGIT, PVRIG, NKG2A 等，因?yàn)镻D-1/PD-L1和CTLA4最早被發(fā)現(xiàn)，也研究的最多，因此目前抗CTLA-4 與抗 PD-1/PD-L1 聯(lián)合策略也被用于多種腫瘤的免疫治療中。但這種組合方式在很多腫瘤患者中的療效并不顯著，還具有很強(qiáng)的副作用，因此近些年科學(xué)家正不斷研究別的免疫檢查點(diǎn)聯(lián)合用藥方式。其中因 TIM-3 廣泛表達(dá)于T細(xì)胞、Tregs、B細(xì)胞、NK細(xì)胞、DCs、巨噬細(xì)胞和肥大細(xì)胞等各種免疫細(xì)胞，并與 Galectin9 、高遷移率組盒1( HMGB1 )和癌胚抗原相關(guān)細(xì)胞粘附分子1( CEACAM-1 )結(jié)合成為了近幾年基礎(chǔ)和臨床研究工作者的青睞。此外，TIM-3與PD-1在耗盡的T細(xì)胞和TILs上的共表達(dá)現(xiàn)象為聯(lián)合使用抗PD-1和抗TIM-3提供了一個(gè)思路。并且一些小鼠模型的實(shí)驗(yàn)為這種組合的有效性提供了直接證據(jù)，幾個(gè)I期的抗PD-1聯(lián)合抗TIM-3的研究已經(jīng)在晚期和轉(zhuǎn)移性實(shí)體腫瘤中開(kāi)始施行。

那么接下來(lái)我就先通過(guò)解讀今年發(fā)表在 Nat Commun (IF:14.91)一篇名為：Galectin-9 interacts with PD-1 and TIM-3 to regulate T cell death and is a target for cancer immunotherapy的文章介紹免疫檢查點(diǎn)分子情侶PD-1/TIM-3以及 Galectin-9 的三角戀故事。

1.質(zhì)譜分析篩選PD-1的結(jié)合蛋白

研究者首先通過(guò)IP/Western和免疫復(fù)合物的質(zhì)譜分析確定了Galectin-9是PD-1的結(jié)合蛋白，且具有免疫調(diào)節(jié)活性。這里可能大家需要想到作者肯定篩選出了很多可以與PD-1結(jié)合的蛋白，然后通過(guò)實(shí)驗(yàn)逐一進(jìn)行功能驗(yàn)證，最后發(fā)現(xiàn)Galectin-9蛋白具有較好的表型，因此后續(xù)都對(duì)這個(gè)蛋白進(jìn)行分析。 類比這樣的方法我們還可以篩選與自己研究基因相結(jié)合的蛋白，從而縮小靶基因的范圍。 后續(xù)實(shí)驗(yàn)證明了Galectin-9與PD-1的結(jié)合是高度選擇性的，并且是由多糖介導(dǎo)的，它不影響PD-1與其同源配體PD-L1的結(jié)合，也不影響PD-1和治療性抗體Pembrolizumab和nivolumab的結(jié)合。

Galectin-9主要有兩個(gè)CRD ( N-CRD，C-CRD )結(jié)合位點(diǎn)，研究者發(fā)現(xiàn)Galectin-9主要通過(guò)其 C-CRD 與PD-1結(jié)合，而N-CRD和C-CRD均介導(dǎo)其與Tim-3的結(jié)合。為了確定PD-1上與Galectin-9結(jié)合的糖基化位點(diǎn)，將PD1上4個(gè)可能的糖基化位點(diǎn)(N49、N58、N74和N116)上的天冬酰胺(N)殘基分別突變?yōu)楣劝滨０?Q)，發(fā)現(xiàn) N116Q 突變?cè)诤艽蟪潭壬嫌绊懥薖D-1與Gal-9的結(jié)合，因此Galectin-9/PD-1的相互作用主要由Gal-9的C-CRD和PD-1的N116連接的糖鏈介導(dǎo)。

圖1：

2. Galectin-9可與PD-1和TIM-3交聯(lián)形成復(fù)合物

緊接著研究者通過(guò)平板蛋白結(jié)合實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)在沒(méi)有Galectin-9的情況下，PD-1 ECD并不結(jié)合TIM-3 ECD，而Galectin-9促進(jìn)了它們的協(xié)同結(jié)合。DuoLink實(shí)驗(yàn)和IP/Western實(shí)驗(yàn)的結(jié)果進(jìn)一步證實(shí)了這一點(diǎn)。但神奇的是， 在沒(méi)有外源Galectin-9的情況下，PD-1/TIM-3相互作用也能被檢測(cè)到 ，這種相互作用并不被乳糖或PD-1 N116Q突變所抑制。這就好比PD-1/TIM-3本來(lái)是一對(duì)情侶，只是感情并不是太穩(wěn)定，這時(shí)生活中出現(xiàn)了一個(gè)和兩人都能處得來(lái)的好友Galectin-9，表面是調(diào)節(jié)二者關(guān)系，其實(shí)是和其中一人搞曖昧。

圖2：

3. Galectin-9可作為癌癥免疫治療的靶點(diǎn)

通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)分析,研究者發(fā)現(xiàn) Galectin-9誘導(dǎo)的T細(xì)胞死亡可能與抗癌免疫抑制有關(guān) ，因此研究者評(píng)估了抑制Galectin-9在癌癥治療中的潛力，并推測(cè)這可能是由于抑制Galectin-9后T細(xì)胞共刺激受損所致。接下來(lái)，通過(guò)將抗Galectin-9與 GITR (TNFRSF共刺激受體家族的一個(gè)成員)的激動(dòng)型抗體DTA-1相結(jié)合驗(yàn)證了這一想法，它們的組合在不同的腫瘤模型中協(xié)同抑制了腫瘤的生長(zhǎng)和延長(zhǎng)了總生存期。因此，這些結(jié)果表明Galectin-9是腫瘤免疫治療的靶點(diǎn)，并且抗Galectin-9聯(lián)合GITR激動(dòng)劑可以誘導(dǎo)出強(qiáng)大的抗腫瘤活性。

圖3：

4. 質(zhì)譜流式證實(shí)抗Galectin-9治療針對(duì)特定的腫瘤浸潤(rùn)性T細(xì)胞亞群

只有推測(cè)，沒(méi)有動(dòng)物實(shí)驗(yàn)當(dāng)然是不行的，研究者接下來(lái)就在荷瘤小鼠中進(jìn)行體內(nèi)實(shí)驗(yàn)。通過(guò)分析幾組質(zhì)譜流式的結(jié)果，研究者發(fā)現(xiàn)抑制Galectin-9可以選擇性地?cái)U(kuò)大了瘤內(nèi)TIM-3+ CD8T和CD4T細(xì)胞亞群，這也包括具有免疫抑制性的Treg細(xì)胞， 并且Treg細(xì)胞在總CD45+TIL中的比例增加 ，特別是CD8T細(xì)胞中CD8T_1亞群的比例在抗Galectin-9處理后增加了兩倍以上。由于Treg可以特異性的抑制抗腫瘤免疫，因此接著通過(guò)聯(lián)合使用抗Galectin-9和抗GITR（可特異下調(diào)Treg）后，CD8T亞群的比例進(jìn)一步增加，而Treg細(xì)胞幾乎完全喪失。因此，抗Galectin-9單一療法雖然擴(kuò)增了具有效應(yīng)潛能的CD8T細(xì)胞亞群。然而，它的治療效果可能會(huì)因?yàn)門reg細(xì)胞的共同擴(kuò)增而受到影響。

圖4：

一般情況下，CD8T細(xì)胞在腫瘤抗原的不斷刺激下會(huì)逐漸失去功能，變成衰竭前體細(xì)胞。在這個(gè)階段的CD8T細(xì)胞會(huì)高表達(dá)TCF1，同時(shí)也表達(dá)PD-1,TIM-3，如果腫瘤抗原持續(xù)存在，CD8T細(xì)胞就會(huì)走向終末衰竭的T細(xì)胞，并且逐漸走向死亡。但是處在這個(gè)終末衰竭性T細(xì)胞狀態(tài)前的T細(xì)胞可以被抗Galectin-9治療給逆轉(zhuǎn)成具有較強(qiáng)增殖和分化能力的功能性T細(xì)胞，只不過(guò)同時(shí)擴(kuò)增的還有Treg細(xì)胞。因此，聯(lián)合使用抗GITR來(lái)控制Treg細(xì)胞的擴(kuò)增則解決了這一難題。

圖5：

5.單細(xì)胞數(shù)據(jù)揭示Galectin-9的表達(dá)分布

其實(shí)講到這，文章的主體研究思路都講完了，但是為了進(jìn)一步解析Galectin-9在各類免疫細(xì)胞的表達(dá)情況，作者還分析了之前發(fā)表的一套單細(xì)胞數(shù)據(jù)。所以，這也進(jìn)一步說(shuō)明了數(shù)據(jù)挖掘的重要性。無(wú)論是多高級(jí)的研究思路，都是需要大數(shù)據(jù)作為支撐才變得更有說(shuō)服力，這個(gè)數(shù)據(jù)可以來(lái)源于自己花錢測(cè)的，也可以來(lái)自已經(jīng)發(fā)表的研究。這里作者就通過(guò)數(shù)據(jù)挖掘發(fā)現(xiàn)Galectin-9(LGALS9)在多種免疫細(xì)胞中都有表達(dá)，而且發(fā)現(xiàn)與對(duì)PD-1治療沒(méi)有應(yīng)答的患者相比，應(yīng)答患者表達(dá)更高水平的Galectin-9,這也證實(shí)了抗Galectin-9和抗PD-1聯(lián)合用藥的可能性。

圖6：

6.關(guān)于免疫應(yīng)答研究可做的生信思路

好了，上面介紹了如何通過(guò) 實(shí)驗(yàn)研究 免疫檢查點(diǎn)分子間的互作關(guān)系從而探索影響腫瘤免疫治療應(yīng)答的因素，學(xué)習(xí)了一些實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的研究策略。然而，為了符合我一貫寫作的氣質(zhì)，下面得對(duì)應(yīng)來(lái)點(diǎn)別的有深意的生信干貨。其實(shí)作為數(shù)據(jù)挖掘的熱點(diǎn)，有關(guān)腫瘤對(duì)免疫治療應(yīng)答的相關(guān)生信思路有很多，下面主要列舉幾篇今年剛發(fā)表的研究免疫治療應(yīng)答的文章思路:

圖7：

第一篇解讀的是發(fā)表在Mol Ther Oncolytics（IF:7.20）雜志上篇名為“Single-cell RNA-sequencing analyses identify heterogeneity of CD8 + T cell subpopulations and novel therapy targets in melanoma”的文章。作者重新分析了已經(jīng)發(fā)表的黑色素瘤單細(xì)胞數(shù)據(jù)，揭示出來(lái)7群CD8 T細(xì)胞亞群，這些亞群具有不一樣的特征。此外，作者還鑒定出了3個(gè)在衰竭性CD8 T細(xì)胞上過(guò)表達(dá)的基因(PMEL, TYRP1和EDNRB)，它們與患者的不良預(yù)后顯著相關(guān)。像這種思路，只要有數(shù)據(jù)都能很容易的復(fù)現(xiàn)一篇，至于發(fā)到什么樣的雜志上，就看證實(shí)的發(fā)現(xiàn)是否新穎。

圖8：

另一篇發(fā)表在 J Immunother Cancer （IF:13.75）篇名為：CXCL13 shapes immunoactive tumor microenvironment and enhances the efficacy of PD-1 checkpoint blockade in high-grade serous ovarian cancer的文章則是從影響免疫浸潤(rùn)的趨化因子著手。這個(gè)思路主要是對(duì)明星分子在不同癌型中的功能進(jìn)行探索，需要通過(guò)實(shí)驗(yàn)來(lái)進(jìn)行功能驗(yàn)證。因?yàn)槊餍欠肿颖谎芯康暮芏嗔耍亲龇喊┓治?，否則基本上很難做出太新穎的東西。但是這類實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)很簡(jiǎn)單，只需要證明某個(gè)明星分子在 特定的癌型 中通過(guò)何種方式影響免疫治療反應(yīng)即可。

圖9：

如果覺(jué)得明星分子沒(méi)有太多研究新意，當(dāng)然還可以通過(guò)各種生信方法篩選出關(guān)鍵基因。接下來(lái)一篇發(fā)表在 Oncoimmunology （IF:8.11）的篇名為“YKT6, as a potential predictor of prognosis and immunotherapy response for oral squamous cell carcinoma, is related to cell invasion, metastasis, and CD8+ T cell infiltration”的文章就是先通過(guò) WGCNA 的方法篩選出和免疫抑制相關(guān)的基因YKT6，進(jìn)行后續(xù)的分析。對(duì)于這種新篩出的之前沒(méi)有報(bào)道過(guò)的基因就比較容易說(shuō)故事，當(dāng)然這個(gè)思路有一些運(yùn)氣的成分，很有可能百費(fèi)周折篩選出的基因要么沒(méi)有很好的功能，要么就已經(jīng)被報(bào)道。

圖10：

如果你腫瘤免疫的生物學(xué)背景知識(shí)不強(qiáng)，也沒(méi)有很好的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，那么還有最后一種選擇，那就是萬(wàn)能膏藥之臨床預(yù)測(cè)模型。最后一篇發(fā)表在 Front Immunol （IF:7.56）雜志上，篇名為“9-Gene Signature Correlated With CD8 + T Cell Infiltration Activated by IFN-γ: A Biomarker of Immune Checkpoint Therapy Response in Melanoma”的文章就是通過(guò)構(gòu)建和免疫治療相關(guān)的臨床預(yù)測(cè)模型。有關(guān)臨床預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建，現(xiàn)在已經(jīng)很成熟了，如 LASSO,COX,NMF 等模型都可以套用。這個(gè)思路前提是需要找一個(gè)較為新穎切入點(diǎn)，且最后能被多套數(shù)據(jù)集驗(yàn)證出來(lái)，那就基本可以發(fā)表一點(diǎn)不錯(cuò)的SCI文章了。

7.小結(jié)

本文從研究腫瘤免疫治療應(yīng)答的這個(gè)科學(xué)問(wèn)題著手，先是通過(guò)一篇以實(shí)驗(yàn)為主的研究型文章解讀了如何通過(guò)巧妙的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)篩選出有潛力的免疫檢查點(diǎn)分子，隨后分別解讀了一些純生信和生信聯(lián)合實(shí)驗(yàn)的文章思路。有關(guān)腫瘤免疫治療問(wèn)題可以研究的方向有很多，但是 一般需要先了解研究癌型的免疫治療進(jìn)展 ，有的問(wèn)題在一些癌型中已經(jīng)被研究的很通透，那就沒(méi)有必要再去浪費(fèi)時(shí)間了，而同樣的科學(xué)問(wèn)題在一些腫瘤中就還是一個(gè)未知，那這樣的問(wèn)題就比較有研究的價(jià)值了。此外，就像開(kāi)頭說(shuō)的因?yàn)槊庖咧委煈?yīng)答與否牽扯的問(wèn)題主要和免疫細(xì)胞的比例有關(guān)，而免疫細(xì)胞在腫瘤中的占比不高，因此bulk測(cè)出來(lái)的高表達(dá)基因主要是腫瘤細(xì)胞自身的基因，從這個(gè)角度看基于 bulk數(shù)據(jù)差異分析找出的高表達(dá)基因需要用腫瘤細(xì)胞系去做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證 。而單細(xì)胞數(shù)據(jù)就比較利于揭示免疫細(xì)胞上表達(dá)和免疫治療的基因，但是商品化的10X平臺(tái)可測(cè)得的基因不多，我的經(jīng)驗(yàn)是先從單細(xì)胞數(shù)據(jù)揭示各種免疫細(xì)胞的比例，找出應(yīng)答和非應(yīng)答的差異免疫細(xì)胞亞群，從而進(jìn)一步找出高表達(dá)的基因，最后通過(guò)簡(jiǎn)單實(shí)驗(yàn)進(jìn)行免疫細(xì)胞的功能驗(yàn)證就基本都可以發(fā)表一篇不錯(cuò)的生信文章了。

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