新型計算方法或能更加精準地分析基因表達狀況

日前，一項刊登在國際雜志nature methods上的研究報告中，來自美國卡內(nèi)基梅隆大學(xué)等機構(gòu)的研究人員通過研究開發(fā)了一種新型的計算方法，該方法能夠有效改善對基因表達分析的準確性，研究人員或有望利用該方法來診斷并且監(jiān)測癌癥，同時或許也能夠促進基礎(chǔ)生物學(xué)的研究進展。文章中，研究者將這種新型的計算方法命名為“salmon”，其能夠校正rna測序（rna-seq）過程中出現(xiàn)的技術(shù)偏差，而rna測序是一種用于評估基因表達狀況的方法；此外，這種新型計算方法的運算速度類似于其它快速的運算方法。研究者carl kingsford表示，salmon的源代碼可以在網(wǎng)上免費獲取，同時也可供成千上萬個用戶進行下載。salmon能夠為rna測序?qū)嶒炋峁┴S富的模型，同時在測序過程中也能夠糾正一些可能性的偏差，這非常重要，因為如今rna測序技術(shù)已經(jīng)被越來越多的研究人員用于對疾病和其亞型進行分類，同時還能夠幫助理解機體發(fā)育期間的基因表達改變狀況，并且追蹤癌癥的進展狀況。雖然生物體的遺傳組成是固定不變的，而且單個基因的活性會隨著時間不斷改變，這就使得基因表達成為重要的因子來幫助研究人員理解有機體工作的機制以及疾病發(fā)生的過程；然而基因活性并不能夠被直接有效地測定，但通過監(jiān)測rna的表達情況卻可以間接獲取基因的表達情況。rna測序技術(shù)就是一種能夠?qū)蚧钚赃M行測定的技術(shù)，但依賴于被分析的組織以及每個樣本準備的方式不同，目前不同實驗間都會存在偏差，而且還會使得rna測序結(jié)果出現(xiàn)誤讀情況（過高或過低）。盡管當前研究人員知道存在多種偏差，而且對這種偏差進行模擬似乎也建立在取樣的基礎(chǔ)上，因此如果研究人員能夠利用傳統(tǒng)方法建立一種復(fù)雜的偏差模型或許就能夠解決上述問題；文章中研究人員利用特殊算法開發(fā)出了這種新型的計算方法，該方法能夠有效評估偏差產(chǎn)生的效應(yīng)，以及實驗中基因的表達水平；研究者希望后期能夠通過更為深入的研究來開發(fā)出更為精細化的偏差模型，更快速地對基因表達進行精準化評估。

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