。一些單個核苷酸被置換后，也許不能改變氨基酸的類型，但它通過化學鍵對鄰近核苷酸的作用是不容忽視的。它能改變鄰近核苷酸的置換率。因此，我認為將一些基因突變定義為絕對中性是欠妥當?shù)摹?
染色體畸變包括染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目的變化，它與基因突變一樣在進化中占有重要的位置。染色體畸變牽涉到 DNA 分子上較大范圍內(nèi)的變化，影響基因間的連鎖和交換，改變基因表達的方式，產(chǎn)生生殖隔離機制，加速物種分化的過程等。
1.2 基因重組
病毒的進化很難用漸進突變累積來解釋，病毒與宿主或其它病毒之間的基因重組引起的飛躍式突變起了很大的作用 [4] 。事實上，在微生物間由于轉(zhuǎn)化、接合和轉(zhuǎn)導引起的基因重組發(fā)生的頻率比基因突變高達一萬倍 [5] 。由此可見，基因重組是病毒及微生物進化的一種主要方式。對于高等生物來說通過食物攝入，有性生殖，微生物介導也能獲得外源核酸，為基因重組提供必須的物質(zhì)要素。張光明等人 [6] 提出微生物能有效介導基因重組，從原核生物到真核生物中廣泛存在的轉(zhuǎn)座作用可能是微生物介導的基因重組的一種重要方式。微生物先感染一種生物，攜帶上該種生物的遺傳物質(zhì)，再感染另一種生物，將所攜帶的遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移到另一種生物的基因組中。因為另一種生物本身已具有完善穩(wěn)定的遺傳機制，這種基因重組獲得表達并固定下來的機率并不是很大，但不可否認基因重組在生物進化中起著重要作用。
2 環(huán)境對遺傳物質(zhì)變異的誘發(fā)與篩選作用
從生態(tài)學的角度來說，任何生物都生存在總體穩(wěn)定又時時處于變化之中的生態(tài)環(huán)境中，與環(huán)境存在物質(zhì)、能量、信息的交流