高產華人學者Nature,Methods發(fā)表基因組分析新技術

2016年09月20日訊 高等生物的細胞核負責儲存基因組DNA，這些DNA環(huán)繞著由四種組蛋白組成的八聚體，形成碟狀的核小體結構。基因組DNA以這樣的形式包裝成為染色質，使DNA受到良好的保護。 所有控制基因轉錄的調控蛋白，都要結合在DNA上起作用。而染色質的3D結構會隨著細胞生活周期而變化，調節(jié)調控因子所能接觸到的基因。

基因組構象是基因控制的核心，但解析基因組構象還很有挑戰(zhàn)性。斯坦福大學的研究團隊九月十九日在Nature Methods雜志上發(fā)表文章，為人們提供了一種靈敏高效的新技術--HiChIP。領導這項研究的是斯坦福大學醫(yī)學院的Howard Y. Chang教授。Chang教授出生于臺灣，畢業(yè)于哈佛大學，現(xiàn)任斯坦福大學首席研究員。曾入選HHMI2009年早期職業(yè)科學家項目（2009 Early Career Scientist Program），獲得百萬美元資助。近幾年張教授多次在Nature等頂級期刊上發(fā)表成果。

HiChIP是一種以蛋白為中心的染色質構象分析方法。這種方法將染色體構象捕獲與基于免疫沉淀和tagmentation的文庫制備結合起來，能夠揭示圍繞目的蛋白的3D染色質結構。研究顯示，與ChIA-PET（基于配對末端標簽測序的染色質交互作用分析）相比HiChIP提供的構象信息多十倍，所需的樣本量少一百倍。研究人員針對黏連蛋白進行HiChIP分析，揭示了多層次的基因組結構，獲得了高于原位Hi-C（高分辨率染色體構象俘獲）的信噪比。

RNA在生物學系統(tǒng)中有著舉足輕重的作用，它不僅將DNA的遺傳信息傳遞給蛋白，還調控了各種生物學過程。單鏈RNA就像一條膠帶，可以折疊起來通過堿基互補配對形成二級結構，這樣的3D結構決定著RNA的功能。著名華裔學者Howard Chang教授及其同事此前開發(fā)了可以在活細胞中全面分析RNA二級結構的SHAPE技術。

為了揭示非編碼RNA-蛋白質復合體（RNP）的組成和動態(tài)，Chang教授還在ChIRP的基礎上開發(fā)了質譜分析技術ChIRP-MS。這是一種RNA導向的蛋白質組學技術（RNA-directed proteomics），能夠全面鑒定特定非編碼RNA的結合蛋白。

Chang教授前不久在Cancer Cell雜志上發(fā)文，全面介紹了癌癥通路中的lncRNA。這篇文章概述了在癌癥中鑒定lncRNA生物指標的現(xiàn)狀，探討了lncRNA在癌癥病理中的一些已知作用。文章指出，lncRNA的轉錄調控與細胞惡變有關，lncRNA還通過與其它大分子互作驅動重要的癌癥表型。這些引人注目的分子有望成為對抗癌癥的新靶標。

本文地址:http://www.mcys1996.com/jiankang/297837.html.

聲明： 我們致力于保護作者版權，注重分享，被刊用文章因無法核實真實出處，未能及時與作者取得聯(lián)系，或有版權異議的，請聯(lián)系管理員，我們會立即處理，本站部分文字與圖片資源來自于網絡，轉載是出于傳遞更多信息之目的,若有來源標注錯誤或侵犯了您的合法權益，請立即通知我們(管理員郵箱：douchuanxin@foxmail.com)，情況屬實，我們會第一時間予以刪除，并同時向您表示歉意,謝謝!

上一篇: Nature醫(yī)學：抗癌新武器——靶定···

下一篇: 用miRNA來阻止腫瘤的轉移