華大基因發(fā)表宏基因組測序新成果

2016年09月20日訊 人類消化道中居住著大量的微生物，它們被統(tǒng)稱為腸道微生物組。腸道微生物組在人類代謝食物、抵御感染和應答藥物等過程中起到了重要的作用。許多人類疾病都與微生物組失衡有關，但揭示其中的因果關系并不容易。

2014年七月，華南理工大學、華大基因、哥本哈根大學等單位在Nature biotechnology發(fā)布了人腸道微生物組參考基因集。研究人員構建了一個高質量、近乎完整的人類腸道微生物基因集數(shù)據(jù)庫，有助于進一步認識腸道菌群與人體生理機能的功能性互作。

現(xiàn)在，華大基因、Paris-Saclay大學和Copenhagen大學的研究人員通過宏基因組測序構建了豬腸道微生物組參考基因集。這一重要成果發(fā)表在九月十九日的Nature Microbiology雜志上，文章通訊作者是華大基因的王?。↗un Wang）、Karsten Kristiansen和Paris-Saclay大學的Claire Rogel-Gaillard。

豬不僅是一種重要的經(jīng)濟動物，也是研究人類生理和疾病的重要模型。研究人員對287頭豬的糞便DNA進行了深度宏基因組測序，鑒定了719種腸道菌的7百多萬基因。微生物組研究過去主要依賴16S rDNA基因測序。隨著測序成本的直線下降，針對整個菌群的宏基因組測序越來越受到青睞，因為這一技術能夠提供更全面的基因組和功能信息。

研究顯示，在人腸道微生物組參考基因集中發(fā)現(xiàn)的功能性通路，有96%也存在于豬腸道微生物組參考基因集中。這些數(shù)據(jù)有力支持了豬在生物醫(yī)學研究中的潛在應用。這項研究還指出，性別、年齡和宿主基因都可能影響豬腸道微生物組。

今年七月，王俊和華大基因的Huijue Jia在Nature Reviews Microbiology雜志上發(fā)表了宏基因組關聯(lián)分析（MWAS）的綜述文章。MWAS是挖掘微生物組寶藏的有力工具，可以高分辨率研究微生物組與復雜疾病的關聯(lián)，比如二型糖尿病、肥胖癥、肝硬化、大腸癌和類風濕性關節(jié)炎。這篇文章介紹了MWAS研究最近的一些發(fā)現(xiàn)，探討了這些發(fā)現(xiàn)對疾病預防、診斷和治療的潛在影響。

去年五月，華大基因和瑞典哥德堡大學的研究人員對98名一歲以內的瑞典嬰兒進行了腸道菌群分析。嬰兒的微生物組需要在成長過程中慢慢成熟。我們一直以為引入固體食物是改變嬰兒腸道菌群的關鍵因素，但這項研究表明推動微生物組成熟的其實是斷奶。研究人員發(fā)現(xiàn)，即使引入了固體食物，非母乳嬰兒的微生物組仍舊比母乳嬰兒更接近成人。

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