四川農(nóng)業(yè)大學發(fā)表基因組測序重要研究

2016年09月20日訊 重測序揭示基因變異存在一定的局限，因為這種方法只能檢驗與參考基因組類似的序列。然而參考基因組往往是不完整的，也不能完全反映物種的遺傳多樣性。日前，四川農(nóng)業(yè)大學的研究人員通過全基因組從頭測序對豬（Sus scrofa）進行了更全面的遺傳分析。這項研究于九月十九日發(fā)表在Genome Research雜志上，文章第一作者和通訊作者是四川農(nóng)業(yè)大學的李明洲（Mingzhou Li）教授。

研究人員從頭組裝了歐亞大陸九種豬的基因組，這些豬在地理分布和表型上很有代表性。他們將自己獲得的基因組序列與豬參考基因組進行比較，發(fā)現(xiàn)了大量新的SNP和結構變異。研究人員還為豬參考基因組補上了137.02 Mb的序列，這段序列包含1737個蛋白編碼基因。這項研究展示了全基因組從頭測序的力量，為人們提供了寶貴的遺傳學資源，有助于在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和生物醫(yī)學研究中更有效的利用豬。

九月五日，浙江大學和Nebraska大學的科學家們在Nature Genetics雜志上發(fā)布了異源多倍體芥菜型油菜（Brassica juncea）的基因組序列。油菜在植物分類上屬于十字花科蕓薹屬（Brassica genus），是世界廣泛種植的油料作物。這類植物擁有三個二倍體基因組和三個異源多倍體基因組。這篇文章的通訊作者是浙江大學的張明方（Mingfang Zhang）教授和Nebraska大學的Sally A Mackenzie。

人類基因組是包含六十多億DNA堿基的復雜序列?，F(xiàn)在測序一個人的基因組已經(jīng)比較方便了，但隨之而來的基因組分析問題依然令人頭疼。為了提高基因組分析的質量，澳大利亞Garvan醫(yī)學研究所的團隊開發(fā)了Sequins技術。他們在八月八日的Nature Methods雜志上連發(fā)兩篇文章對這個技術進行了詳細的介紹。

今年七月，暨南大學和南加州大學的研究人員通過長讀取測序技術從頭（de novo）裝配了一個高質量的中國人基因組。這項研究成果發(fā)表在Nature Communications雜志上，文章通訊作者是南加州大學Kai Wang教授、暨南大學粵港澳中樞神經(jīng)再生研究院的蘇國輝（Kwok-Fai So）教授和周立兵（Libing Zhou）教授。

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