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      通過游離DNA來推斷基因表達
      
        
      
            佚名
            2024-06-04 08:42:23
        
      

        
      
           
      2016年09月05日訊 奧地利格拉茨醫(yī)科大學(xué)的研究人員發(fā)現(xiàn)
      ，在血漿中循環(huán)的游離DNA（cfDNA）能夠為預(yù)測基因表達提供線索
      。這項成果于周一發(fā)表在《Nature Genetics》上。
      通過挖掘活性或非活性轉(zhuǎn)錄起始位點上游的核小體差異
      ，奧地利的研究人員開發(fā)出一種方法，根據(jù)cfDNA的讀取深度模式來估計基因表達
      。他們利用100多名健康個體的血液樣本建立了這種方法
      ，并將其應(yīng)用在數(shù)百名癌癥患者的樣本上。
      “我們利用全基因組測序數(shù)據(jù)來確定基因表達的狀況
      ，”文章的通訊作者
      ，格拉茨醫(yī)科大學(xué)的人類遺傳學(xué)研究人員Michael Speicher寫道?div   id="4qifd00"   class="flower right">
      ！皩τ谀切┽尫臘NA進入循環(huán)系統(tǒng)的細胞
      ，我們的研究帶來了新觀點，并擴展了現(xiàn)有的cfDNA分析選項
      ?div   id="4qifd00"   class="flower right">
      ！?/p>
      研究小組指出，漂浮在血液中的許多cfDNA代表了凋亡細胞的遺傳物質(zhì)
      ，包括核小體中與蛋白質(zhì)復(fù)合物配對的DNA
      。因此，研究人員推斷
      ，利用DNA讀取深度應(yīng)該能夠揭示與基因轉(zhuǎn)錄活性相關(guān)的核小體印跡
      。之前的微球菌核酸酶（MNase）分析表明，在基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游
      ，無核小體的DNA片段將被轉(zhuǎn)錄
      。
      考慮到這一點，他們首先著手研究與表達相關(guān)的核小體占據(jù)是否可通過cfDNA來檢測
      ，以及這種標(biāo)志是否反映了基因表達
      。之后，研究人員進一步擴展了分析
      。他們獲取基因表達譜，以便從癌癥患者的血液樣本中搜索癌癥驅(qū)動基因
      。
      研究人員從50名健康男性和54名健康女性中采集到179個血液樣本
      。他們利用Illumina的MiSeq和NextSeq儀器開展雙端測序，以鑒定血漿中與核小體相關(guān)的核DNA
      。然后
      ，他們生成了單端測序數(shù)據(jù)，用它來評估轉(zhuǎn)錄起始位點周圍的讀取深度模式
      ，并參考現(xiàn)有的MNase圖以及ENCODE和FANTOM5項目的基因表達數(shù)據(jù)
      。這些信息也幫助研究人員開發(fā)出預(yù)測表達的算法。
      之后
      ，研究人員證明
      ，對兩名乳腺癌患者的循環(huán)腫瘤DNA進行全基因組測序
      ，可獲取基因表達和拷貝數(shù)圖譜。于是
      ，他們接著采集了其他癌癥患者的血液樣本
      ，包括轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌、肺癌或前列腺癌
      ，查看了426個樣本的基因表達和拷貝數(shù)變化
      。
      研究人員指出，這種方法似乎特別適合檢測影響癌癥驅(qū)動基因的擴增
      。不過
      ，他們警告說，它可能不適合在微小殘留病的背景下評估循環(huán)腫瘤DNA
      。
      

          
      本文地址:http://www.mcys1996.com/jiankang/300860.html.
      
          
      
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