迄今為止最全面的人類蛋白質(zhì)編碼區(qū)遺傳變異記錄

夕陽紅 2024-06-06 20:56:50

2016年08月19日訊一項(xiàng)關(guān)于人類基因組外顯子組（蛋白質(zhì)編碼區(qū)）的深度分析提供了迄今為止有關(guān)該區(qū)域最全面的遺傳變異記錄

。登上本周《自然》雜志封面的研究 Analysis of protein-coding genetic variation in 60

，706 humans 被認(rèn)為有助于從臨床發(fā)現(xiàn)與人類疾病相關(guān)的遺傳變異

。

來自哈佛-麻省理工博德研究所，參與人類外顯子組整合數(shù)據(jù)庫(kù)（ExAC）項(xiàng)目的 Daniel MacArthur 及同事分析了來自60

，706位被試者的外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)，這些被試者來自于不同的地理人口系譜

，包括歐洲

、非洲、南亞

、東亞和拉美人口

。他們發(fā)現(xiàn)了約740萬個(gè)遺傳子多態(tài)（genetic variants），對(duì)于人類低頻蛋白質(zhì)編碼多態(tài)的分析

，其分辨率達(dá)到前所未有的程度

。

作者通過分析該數(shù)據(jù)集來表征全球遺傳變異的模式，在較小的遺傳變異數(shù)據(jù)集上達(dá)到了此前無法實(shí)現(xiàn)的分辨率

。遺傳變異密度令研究人員得以在同一位點(diǎn)分辨多重序列多態(tài)（多等位基因多態(tài)）

，而數(shù)據(jù)集的規(guī)模則令研究人員得以首次獲得一些有關(guān)復(fù)發(fā)突變的發(fā)現(xiàn)，復(fù)發(fā)突變指的是罕見突變?cè)诟魅丝跉v史中獨(dú)立發(fā)生

。

ExAC提供了一個(gè)可公開獲取的參照數(shù)據(jù)庫(kù)

，事實(shí)已經(jīng)證明這是一個(gè)有用的臨床工具，可用于評(píng)估潛在的孟德爾遺傳?div id="m50uktp" class="box-center"> 。▎位虿

。┑闹虏』蚨鄳B(tài)，其中一些多態(tài)在人口中的普遍程度令人難以置信

。作者分析了過往研究所報(bào)告的192個(gè)此類多態(tài)

，結(jié)果發(fā)現(xiàn)僅9個(gè)有充足的數(shù)據(jù)表明其與疾病相關(guān)。

在另外一篇發(fā)表在Genetics in Medicine的論文 Reassessment of Mendelian gene pathogenicity using 7

，855 cardiomyopathy cases and 60

，706 reference samples 中，倫敦帝國(guó)理工學(xué)院的Roddy Walsh 及同事評(píng)估了最常見的嚴(yán)重的孟德爾病之一 - 心肌癥（心肌疾?div id="jpandex" class="focus-wrap mb20 cf">。┑倪z傳變異情況

。他們的發(fā)現(xiàn)表明，此前認(rèn)為與特定心肌癥相關(guān)的許多基因和基因多態(tài)可能并沒有真的關(guān)系

，不過現(xiàn)在利用ExAC可以顯著改進(jìn)對(duì)基因變體的解讀

。

在發(fā)表在Nature Genetics上的另外一篇論文 Patterns of genic intolerance of rare copy number variation in 59，898 human exomes中，西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的 Douglas Ruderfer 及同事分析了ExAC數(shù)據(jù)集內(nèi)罕見的拷貝數(shù)變異（一種基因組結(jié)構(gòu)變異）

。

一直有研究設(shè)法記錄外顯子組內(nèi)的遺傳變異

，而ExAC是其中規(guī)模最大最全面的一個(gè)項(xiàng)目。在伴隨的新聞與觀點(diǎn)版塊中

，西雅圖華盛頓大學(xué)的 Jay Shendure 總結(jié)說：“ExAC既是一項(xiàng)技術(shù)成就

，也是一項(xiàng)政治成就，不僅有數(shù)據(jù)爭(zhēng)議

，也有研究者

、審批許可和14余項(xiàng)研究的角力 - 主要針對(duì)的是各種常見疾病的遺傳問題?div id="4qifd00" class="flower right">

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