劉小樂教授發(fā)布癌癥綜合分析法(分析法與綜合法的區(qū)別)

劉小樂教授發(fā)布癌癥綜合分析法

2016年08月25日訊 理解腫瘤與免疫系統(tǒng)的相互作用，是發(fā)現(xiàn)預(yù)后指標(biāo)、降低藥物抗性和開發(fā)新藥的關(guān)鍵。為此，哈佛大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種能夠綜合性分析腫瘤免疫的計算方法。該方法可以對腫瘤浸潤免疫細(xì)胞進(jìn)行評估，幫助人們理解癌癥中的腫瘤-免疫互作。

研究人員將自己的算法用于癌癥基因組圖譜TCGA的一萬多個RNA-seq樣本，涉及23種癌癥。他們評估了不同腫瘤的免疫浸潤水平，分析了腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的臨床關(guān)聯(lián)，還預(yù)測了新的治療靶標(biāo)。

研究顯示，MAGEA3是黑色素瘤的潛在免疫靶標(biāo)，但它不適用于非小細(xì)胞肺癌。在許多癌癥中，SPAG5可以成為癌癥疫苗的靶標(biāo)。研究還表明，根據(jù)CD8 T細(xì)胞的浸潤情況，可以將高水平表達(dá)CTLA4的黑色素瘤分為兩類。這些數(shù)據(jù)可以幫助人們開發(fā)出更有效的癌癥疫苗和檢驗點阻斷療法。

劉小樂教授青年時代就讀于天津南開中學(xué)， 1992 年考入北京大學(xué)生物系。1994 年轉(zhuǎn)學(xué)到美國史密斯女子學(xué)院 （Smith College） 雙修生物化學(xué)和計算機(jī)科學(xué)， 三年后以最高拉丁榮譽(yù)畢業(yè) （Summa Cum Laude, 授予全校積分最高的 1% 的畢業(yè)生）。2002 年于斯坦福大學(xué)取得生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士和計算機(jī)科學(xué)輔修博士學(xué)位后， 被直接聘為哈佛大學(xué)終身制助理教授。她目前擔(dān)任哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院生物統(tǒng)計與計算生物學(xué)系的終身正教授、Dana-Farber 腫瘤研究所功能性癌癥表觀遺傳組學(xué)中心主任， 和同濟(jì)大學(xué)生物信息學(xué)系教授并長江學(xué)者講座教授。

劉小樂教授帶領(lǐng)的研究小組最近在國際著名學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表了多項研究成果。五月三十日在Nature Genetics雜志上發(fā)布了一種新的計算方法，該方法可以幫助人們用RNA-seq數(shù)據(jù)從頭組裝腫瘤浸潤T細(xì)胞的CDR3序列。腫瘤浸潤T細(xì)胞是從血液進(jìn)入腫瘤的淋巴細(xì)胞。腫瘤浸潤T細(xì)胞大量存在，說明機(jī)體啟動了對抗腫瘤的免疫反應(yīng)。

高通量實驗中的噪音和偏好使高維基因組數(shù)據(jù)分析成為了一項很大的挑戰(zhàn)。劉小樂教授與和德克薩斯大學(xué)西南醫(yī)學(xué)中心合作對此進(jìn)行了深入研究。他們開發(fā)了一種強(qiáng)大的計算方法--MANCIE，并將其發(fā)表在今年四月的Nature Communications雜志上。

劉小樂教授此前還在《NATURE REVIEWS GENETICS》上發(fā)表文章，探討了NGS染色質(zhì)分析出現(xiàn)偏好的常見原因、如何判斷這些偏好、減少偏好對結(jié)論的影響。這篇綜述以DNA為中心，總結(jié)了NGS染色質(zhì)分析中最重要的經(jīng)驗教訓(xùn)，提出了一些解決偏好的分析策略。

分析法與綜合法的區(qū)別

分析法和綜合法區(qū)別如下
1、綜合法是把經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象的各個部分、各個方面和各種因素聯(lián)系起來，從總體上認(rèn)識和把握經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象的方法。以綜合法解應(yīng)用題時，先選擇兩個已知數(shù)量，并通過這兩個已知數(shù)量解出一個問題，然后將這個解出的問題作為一個新的已知條件，與其它已知條件配合，再解出一個問題，一直到解出應(yīng)用題所求解的未知數(shù)量。
2、分析法是把復(fù)雜的經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象分解成許多簡單組成部分，分別進(jìn)行研究的方法。用分析法解題時如果解題所需要的兩個條件，（或其中一個條件）是未知的時候，就要分別求解找出這兩個（或一個）的條件，一直到問題都是已知的時候為止。

在解決實際問題時常用的分析方法有哪些

目前在實際工作中,通常采用的分析方法有五種：

1、對比分析法

也叫比較分析法，是通過實際數(shù)與基數(shù)的對比來提示實際數(shù)與基數(shù)之間的差異，借以了解經(jīng)濟(jì)活動的成績和問題的一種分析方法。在科學(xué)探究活動中，常常用到對比分析法，這種分析法與等效替代法相似。對比法， 戲劇常用的一種主要藝術(shù)手法。一般有三種對比:人物對比、場面對比、細(xì)節(jié)對比。

2、因素分析法

又稱經(jīng)驗分析法，是一種定性分析方法。該方法主要指根據(jù)價值工程對象選擇應(yīng)考慮的各種因素，憑借分析人員的知識和經(jīng)驗集體研究確定選擇對象。該方法簡單易行，要求價值工程人員對產(chǎn)品熟悉，經(jīng)驗豐富，在研究對象彼此相差較大或時間緊迫的情況下比較適用，缺點是無定量分析、主觀影響大。

因素分析法是利用統(tǒng)計指數(shù)體系分析現(xiàn)象總變動中各個因素影響程度的一種統(tǒng)計分析方法，包括連環(huán)替代法、差額分析法、指標(biāo)分解法等。 因素分析法是現(xiàn)代統(tǒng)計學(xué)中一種重要而實用的方法，它是多元統(tǒng)計分析的一個分支。使用這種方法能夠使研究者把一組反映事物性質(zhì)、狀態(tài)、特點等的變量簡化為少數(shù)幾個能夠反映出事物內(nèi)在聯(lián)系的、固有的、決定事物本質(zhì)特征的因素。

因素分析法的最大功用，就是運(yùn)用數(shù)學(xué)方法對可觀測的事物在發(fā)展中所表現(xiàn)出的外部特征和聯(lián)系進(jìn)行由表及里、由此及彼、去粗取精、去偽存真的處理，從而得出客觀事物普遍本質(zhì)的概括。其次，使用因素分析法可以使復(fù)雜的研究課題大為簡化，并保持其基本的信息量。

3、相關(guān)分析法

揭示某一礦區(qū)鉆孔自然彎曲趨勢的另一方法是進(jìn)行相關(guān)分析，又稱回歸分析，即利用數(shù)理統(tǒng)計原理,求出反映鉆孔自然彎曲趨勢的回歸方程。通常設(shè)孔深為自變量，頂角和方位角為因變量，建立相關(guān)關(guān)系式這兩個相關(guān)關(guān)系式就代表鉆孔頂角和鉆孔方位角隨孔深而變化的規(guī)律。

4、差額計算法

確定引起某個經(jīng)濟(jì)指標(biāo)變動的各個因素的影響程度的一種計算方法。與"連續(xù)替代法"內(nèi)容相同。在幾個相互聯(lián)系的因素共同影響著某一個經(jīng)濟(jì)指標(biāo)的情況下，可應(yīng)用這一方法計算各個因素對該經(jīng)濟(jì)指標(biāo)發(fā)生變動的影響程度。在衡量某一因素對于一個經(jīng)濟(jì)指標(biāo)的影響時，假定只有這一因素變動，而其余因素不變。確定各個因素替代順序，然后按照這一順序進(jìn)行替代計算。這種方法是假定各個因素依照一定的順序發(fā)生變動而進(jìn)行替代計算的， 因此分析出來的結(jié)果具有一定程度的假定性。

5、比例法

比例法亦稱“間接計算法”。它是利用過去兩個相關(guān)經(jīng)濟(jì)指標(biāo)之間長期形成的穩(wěn)定比率來推算確定計劃期有關(guān)指標(biāo)的一種方法。

擴(kuò)展資料

分析法是“綜合法”的對稱。把復(fù)雜的經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象分解成許多簡單組成部分，分別進(jìn)行研究的方法。其實質(zhì)是： 通過調(diào)查研究，找出事物的內(nèi)在矛盾，并對矛盾的各個方面進(jìn)行深入研究。剔除那些偶然的、非本質(zhì)的東西，抽象出必然的、本質(zhì)的因素，并由此得出一些反映本質(zhì)的簡單規(guī)定，以把握矛盾的各個方面的特殊性。

分析法所提供的只是對于經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象的片面理解，它還不能從總體上、從各個部分之間的相互聯(lián)系上來把握經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象。因此，在分析的基礎(chǔ)上，還必須運(yùn)用綜合的方法，使分析得到的各個方面的本質(zhì)規(guī)定，按照經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象內(nèi)在的邏輯聯(lián)系，形成有機(jī)的體系，這樣才能全面、深刻地認(rèn)識經(jīng)濟(jì)現(xiàn)象，提出解決問題的有效辦法。

適用范圍：不易直接證明結(jié)論；從結(jié)論很顯然能推出明顯正確的條件。

參考資料：百度百科-分析法

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